【MedR】第1回 東京大学医学系研究科 特任助教 倉橋一成
簡単な自己紹介 修道(広島)→東大理科Ⅰ類→看護学科→ 疫学・生物統計学教室大学院(大橋教室)→ 企画情報運営部(大江教室) 修道(広島)→東大理科Ⅰ類→看護学科→ 疫学・生物統計学教室大学院(大橋教室)→ 企画情報運営部(大江教室) 修士1年まで生物統計学の勉強 修士2年から少しずつ働き始める 健康診断&レセプトデータ 臨床試験データ 遺伝子データ(マイクロアレイ) R or SASで解析(今は99%R) 解析実務 解析相談、アドバイザー、コンサルティング VC++ & Rでレセプトデータの加工を行うソフト作ったり SAS講習会の通訳補助やったり iAnalysis(アイアナリシス)という会社で兼業中
R S言語をオープンソースとして実装 再現可能な言語 世界的に信頼性が高い Rで分からないことがあったら。。 GPL 同じプログラムを実行すれば同じ結果となる SASも再現可能 SPSSは再現するためにはデータ加工やオプション設定を保存する必要がある 世界的に信頼性が高い SASと同等 他にはMatLabなど グラフィックスに強い 論文でも多く利用されている NEJM、JCO、JNCIなど 方法論の教科書の著者がRパッケージを作っていることも Rで分からないことがあったら。。 Rjpwiki:http://www.okada.jp.org/RWiki/ ツイッターでつぶやく 私のID: isseing333
使い方 インストール これ を起動 http://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 特に設定変更なし これ を起動 この画面にプロ グラムを書く
例&終了 Plot(1:10) これだけでも割と綺麗 終了 「いいえ」 作業スペース:R上のオブジェクト
パッケージとヘルプ タスクビューで特に重要なパッケージを紹介 パッケージのインストール ヘルプ http://cran.r-project.org/web/views/ パッケージのインストール インターネットが繋がっている状態 Install.packages(“パッケージ名”) ミラーサーバーを選ぶと自動インストール 日本は筑波、兵庫、(会津) library(“パッケージ名”)で使えるようになる ヘルプ 「?関数名」と打つとヘルプが表示される
データ例 library(HSAUR2) data(Forbes2000) dim(Forbes2000) str(Forbes2000) Forbes Magazine 2004年世界の一流企業2,000 dim(Forbes2000) str(Forbes2000) names(Forbes2000) Forbes2000[1:10, ] nlevels(Forbes2000$country) a <- Forbes2000[Forbes2000$country == "Japan", ] dim(a) nrow(a)/nrow(Forbes2000) length(Forbes2000[Forbes2000$country == "United States", 1])