生物学 第7回 遺伝子DNAはATCG4文字で 書かれたタンパク質の設計図 和田 勝.

Slides:



Advertisements
Similar presentations
和田 勝 東京医科歯科大学教養部 特論 B 細胞の生物学 特論 B 細胞の生物学 番外編 ちょっと息抜き.
Advertisements

Statistical Genetics 7 Functionality of SNPs Graduate School of Medicine Kyoto University 2008/09/17-25 IMS-UT Ryo Yamada.
日本バイオインフォマティクス学会 バイオインフォマティクス カリキュラム中間報告
生物学 第4回 多様な細胞の形と働きは      タンパク質のおかげ 和田 勝.
細胞の構造について復習しよう 植物細胞と動物細胞を見てみよう どんなちがいがあるかな? すべての生き物の身体は
植物系統分類学・第13回 分子系統学の基礎と実践
生物学 第6回 転写と翻訳 和田 勝.
RNA i (RNA interference).
遺伝子発現 B4ゼミ発表 酒井大輔 2004年 5月10日.
特論B 細胞の生物学 第2回 転写 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
生物学基礎 第4回 細胞の構造と機能と      細胞を構成する分子  和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
動物への遺伝子導入 hGH 遺伝子 右:ひと成長ホルモン遺伝子を 導入したラット 左:対照ラット
活性化エネルギー.
特論B 細胞の生物学 第3回 タンパク質の形と働き 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
細胞と多様性の 生物学 第4回 細胞におけるエネルギー産生 と化学反応のネットワーク 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
細胞と多様性の 生物学 第3回 転写と翻訳 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
5/21~6/11 担当講師 柘植謙爾(つげ けんじ) (6)第4章 ゲノム配列の解析
1)解糖系はほとんどすべての生物に共通に存在する糖の代謝経路である。 2)反応は細胞質で行われる。
奈良女子大集中講義 バイオインフォマティクス (1) 分子生物学概観
コアB-1 個体の構成と機能(5)生体物質の代謝
セントラルドグマ 遺伝情報の流れ DNA→RNA→蛋白質→代謝などの生命活動 DNA→遺伝情報を記録した「設計図」 全部の「設計図」→ゲノム
生体分子を構成している元素 有機分子   C, H, O, N, P, S(C, H, O, N で99%) 単原子イオン 
生物学 第10回 突然変異、ちょっと詳しく 和田 勝.
生物統計学・第2回 注目要素を決める まず木を見る、各種グラフ、ウェブツール
生物科学科(高分子機能学) 生体高分子解析学講座(第3) スタッフ 教授 新田勝利 助教授 出村誠 助手 相沢智康
2016年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第7回 情報解析(1) 配列相同性解析・1
生物科学科(高分子機能学) 生体高分子解析学講座(第3) スタッフ 教授 新田勝利 助教授 出村誠 助手 相沢智康
翻訳 5’ → 3’ の方向 リボソーム上で行われる リボソームは蛋白質とrRNAの複合体 遺伝情報=アミノ酸配列
個体と多様性の 生物学 第5回 突然変異とDNA修復機構 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
生命科学基礎C 第4回 神経による筋収縮の指令 -伝達 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
疾患遺伝子:病気は遺伝によって決まるのか
個体と多様性の 生物学 第6回 体を守る免疫機構Ⅰ 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
生命情報解析 第4回 シグナル配列の統計解析(3)
生物統計学・第2回 全体を眺める(1) 各種グラフ、ヒストグラム、分布
コレステロール その生合成の調節について 家政学部 通信教育課程 食物学科 4年 大橋 万里子 佐藤 由美子 鷲見 由紀子 堀田 晴 子
メンデルの分離の法則 雑種第1世代どうしを交配すると草丈の高いものが787個体、草丈の低いものが277個体であった。
生物学基礎 第5回 遺伝子の本体を求めて  和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
生命情報学入門 配列のつなぎ合わせと再編成
生物学 第5回 遺伝子はDNAという分子だった 和田 勝.
細胞と多様性の 生物学 第7回 細胞外からの情報が核に伝わる 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
SVMを用いた生体分子への 金属結合部位予測手法の提案
旭川医科大学教育研究推進センター 阿久津 弘明 化学 中村 正雄、津村 直美
神奈川科学技術アカデミー バイオインフォマティクスコース 蛋白質立体構造予測 I,II,演習
DNA合成時の誤りが起きる確率 <互変異性体による誤り> Gと塩基対を作りAとは作らない 主にこちらが多数存在
生命科学特論B 第3回 神経系と内分泌系の接点 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
DNAメチル化とクロマチン構造の変化による転写制御のモデル
・Proof readingについて ・PrimerのTm値について
植物系統分類学・第15回 比較ゲノミクスの基礎と実践
特論B 細胞の生物学 第5回 エネルギー代謝 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
参考書 MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL 邦訳 細胞の分子生物学            B.Albertほか    
生命科学基礎C 第8回 免疫Ⅰ 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
生物学 第6回 遺伝子はDNAという分子だった 和田 勝.
遺伝子の解析 第1弾 DNAについて&PCR法
Central Dogma Epigenetics
生命科学基礎C 第1回 ホルモンと受容体 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
膜タンパク質のインフォマテイクス 必要とされている課題.
カルビンーベンソン回路 CO23分子が回路を一回りすると 1分子のC3ができ、9分子のATPと 6分子の(NADH+H+)消費される.
個体と多様性の 生物学 第3回 突然変異とDNA修復機構 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
植物系統分類学・第14回 分子系統学の基礎と実践
個体と多様性の 生物学 第6回 体を守る免疫機構Ⅰ 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
細胞の膜構造について.
タンパク質.
村石悠介・橋口岳史 農学部資源生物科学科1回生
MD計算による血小板細胞膜蛋白とリガンド結合の立体構造および結合の力学特性の解明(loss of function 型変異体に関して)
特論B 細胞の生物学 第6回 エネルギーはどこから 和田 勝 東京医科歯科大学教養部.
細胞の構造と機能.
遺伝統計学 集中講義 (6) 終わりに.
⑥ ⑤ ① ③ ② ④ 小胞の出芽と融合 11/20 ATPの使い途2 出芽 核 細胞質 供与膜 融合 標的膜 リソソーム
集中講義(東京大学)「化学システム工学特論第3」 バイオインフォマティクス的手法による化合物の性質予測(1) バイオインフォマティクス概観
分子生物情報学(0) バイオインフォマティクス
Presentation transcript:

生物学 第7回 遺伝子DNAはATCG4文字で 書かれたタンパク質の設計図 和田 勝

DNAはATCGの4文字で、 先週の番組で見たように、細胞の核は「図書館」に、染色体はそこに納められている本にたとえることができます。 この本は、ATCGのたった4文字で書かれている本です。本のページをめくって、必要な箇所を写し取ったものが、前回のセントラルドグマでお話したmRNAです。

DNAからタンパク質へ セントラルドグマ DNAは核から外に出ないので、DNAとタンパク合成の間を取り持つメッセンジャーが必要だと予言されました。これがmRNAです。

音楽と遺伝情報は似ている mRNAは音楽を収めたカセットテープにたとえることができます。 カセットテープをカセットプレーヤーにかけると、テープの進行に伴って音が再生され、音楽になります。 mRNAをリボソームにかけると、その進行に伴ってコドンに合致するアミノ酸が取り込まれてつなぎ合わされ、タンパク質になります。

音楽と遺伝情報は似ている DNAの遺伝の情報と音楽との間に共通するものを感じ取った生物学者がいます。 音楽の中の主題と変奏、繰り返し構造などが、DNAの塩基の並び方と似ているというのです。そこでACGTを楽譜に直すことで音楽にしようと考えた人がいます。

遺伝子音楽 大野 乾(おおの すすむ、1928年2月1日 - 2000年1月13日) 1949年 東京農工大学 大学院獣医学研究科修了 1949年 東京農工大学   大学院獣医学研究科修了   獣医学博士 1952年 カリフォルニア大学   ロサンゼルス校研究員 1961年 理学博士   (北海道大学) City of Hope National Medical Center研究員 大野 乾(おおの すすむ、1928年2月1日 - 2000年1月13日)

遺伝子音楽 「音楽が音楽たる由縁は、主題が少しずつ変化しならが繰り返されていくところにありますが、同様に繰り返しを持つDNAも音楽に変換しえるわけです」。 この大野 乾さんのアイデアに基づきDNAの塩基配列を音楽にしたのが始まりです(1986)。電子音楽ならぬ遺伝子音楽です。

遺伝子音楽 http://www.toshima.ne.jp/~edogiku/index.html

遺伝子音楽 以前あったGeneMusic.orgのトップページには、  「すべての芸術的な創作活動は、ヒトの脳から生まれる。もっとも基本的なことは、情報の伝達とコミュニケーションである。生命の情報はDNA、RNA、タンパク質分子にある。音楽は情報の一つの形であり、その流れや伝達のルールは自然界の場合と似ているに違いない。

遺伝子音楽 自然界のルールは、1)進化、2)共通の祖先型、3)変異、4)自然選択である。これらのルールは音楽にもあてはめることができる。」

遺伝子音楽 塩基のATCGを音符に変換するルールは以下の通りです。分子量の大きい順に低い音から(ただしレから)並べています。

DNAと音楽 ここでは、広島大学両生類研究施設の三浦郁夫さんと広島国泰寺高校が行ったプロジェクト「オオサンショウウオのDNAの塩基配列を明らかにする」の一環として行われた、塩基配列を音楽に変換した例を取り上げます。

DNAと音楽 1.オオサンショウウオHoxA13遺伝子 2.ヒトのHoxA13遺伝子 3. ミトコンドリアのATPase8遺伝子 作曲:三浦郁夫(広島大学大学院理学研究科両生類研究施設)と広島国泰寺高校生物班,編曲・演奏:Trevayne Fernandez (Australian Music Examination Board) 2.ヒトのHoxA13遺伝子 3. ミトコンドリアのATPase8遺伝子  作曲:坪北紗綾香(エリザベト音楽大学大学院音楽研究科音楽教育学専攻),演奏:松本愛(エリザベト音楽大学大学院音楽研究科宗教音楽学(オルガン)専攻修了)

HoxA13遺伝子の役割 この遺伝子は、ヒトの場合、「指」を作るときにはたらく遺伝子です。番組にも出てきましたね。 簡単に言うと遺伝子のスイッチを入れる(「点灯」の状態にする)タンパク質の遺伝子です。 詳しいことは、後でまたお話します。お楽しみに。

DNAと音楽 楽譜です。

ヒトHoxA13遺伝子DNA SQ Sequence 1167 BP; atgacagcct ccgtgctcct ccacccccgc tggatcgagc ccaccgtcat gtttctctac 60 gacaacggcg gcggcctggt ggccgacgag ctcaacaaga acatggaagg ggcggcggcg 120 gctgcagcag cggctgcagc ggcggcggct gccggggccg ggggcggggg cttcccccac 180 ccggcggctg cggcggcagg gggcaacttc tcggtggcgg ccgcggccgc ggctgcggcg 240 gccgccgcgg ccaaccagtg ccgcaacctg atggcgcacc cggcgccctt ggcgccagga 300 gccgcgtccg cctacagcag cgcccccggg gaggcgcccc cgtcggctgc cgccgctgct 360 gccgcggctg ccgctgcagc cgccgccgcc gccgccgcgt cgtcctcggg aggtcccggc 420 ccggcgggcc cggcggcggc agaggcggcc aagcaatgca gcccctgctc ggcagcggcg 480 cagagctcgt cggggcccgc ggcgctgccc tatggctact tcggcagcgg ctactacccg 540 tgcgcccgca tgggcccgcc ccccaacgcc atcaagtcgt gcccccagcc cccctcggcc 600 gccgccgccg ccgccttcgc ggacaagtac atggataccg ccggcccagc tgccgaggag 660 ttcagctccc gcgctaagga gttcgcgttc taccaccagg gctacgcagc cgggccttac 720 caccaccatc agcccatgcc tggctacctg gatatgccag tggtgccggg cctcgggggc 780 cccggcgagt cgcgccacga acccttgggt cttcccatgg aaagctacca gccctgggcg 840 ctgcccaacg gctggaacgg ccaaatgtac tgccccaaag agcaggcgca gcctccccac 900 ctctggaagt ccactctgcc cgacgtggtc tcccatccct cggatgccag ctcctatagg 960 agggggagaa agaagcgcgt gccttatacc aaggtgcaat taaaagaact tgaacgggaa 1020 tacgccacga ataaattcat tactaaggac aaacggaggc ggatatcagc cacgacgaat 1080 ctctctgagc ggcaggtcac aatctggttc cagaacagga gggttaaaga gaaaaaagtc 1140 atcaacaaac tgaaaaccac tagttaa 1167

HoxA13タンパク質 アミノ酸が388個、つながったタンパク質です。マゼンダの部分でDNAと結合します。下線部がメロディー。 10 20 30 40 50 60 MTASVLLHPR WIEPTVMFLY DNGGGLVADE LNKNMEGAAA AAAAAAAAAA AGAGGGGFPH     70     80     90     100    110    120 PAAAAAGGNF SVAAAAAAAA AAAANQCRNL MAHPAPLAPG AASAYSSAPG EAPPSAAAAA     130    140     150    160     170    180 AAAAAAAAAA AAASSSGGPG PAGPAGAEAA KQCSPCSAAA QSSSGPAALP YGYFGSGYYP 190 200 210 220 230 240 CARMGPHPNA IKSCAQPASA AAAAAFADKY MDTAGPAAEE FSSRAKEFAF YHQGYAAGPY 250 260 270 280 290 300 HHHQPMPGYL DMPVVPGLGG PGESRHEPLG LPMESYQPWA LPNGWNGQMY CPKEQAQPPH 310 320 330 340 350 360 LWKSTLPDVV SHPSDASSYR RGRKKRVPYT KVQLKELERE YATNKFITKD KRRRISATTN 370 380 390 LSERQVTIWF QNRRVKEKKV INKLKTTS アミノ酸が388個、つながったタンパク質です。マゼンダの部分でDNAと結合します。下線部がメロディー。

別の例で、 DNA sequence of mouse immunoglobulin gamma variable region of the heavy chain with an anti-4-hydroxy-3-nitrophenylacetyl specificity. The music was published by Susumu Ohno & Marty Jabara in 1986. 演奏はYonatan Cohen For comparison, 次は同じくYonatan Cohenの演奏による Alexander Scriabinの Etude op. 8 no. 1 in C sharp Major. http://nsm.uh.edu/~dgraur/music_dna.html

興味があれば、 以下のサイトを訪ねてください。 http://www.whozoo.org/mac/Music/Sources.htm http://www.nslij-genetics.org/dnamusic/

前回ビデオで見たことは 前回のビデオでイメージが膨らんだと思います。もう少し生物学的なコアの部分を学んでいきましょう。 「mRNAをリボソームにかけると、その進行に伴ってコドンに合致するアミノ酸が取り込まれてつなぎ合わされ、タンパク質になります。」 という部分です。

もう一度、大まかな復習 タンパク質とDNAは、まったく異なる分子です。 タンパク質 DNA 20種類のアミノ酸が、鎖状につながったもので、側鎖の並び方に意味がある(形を通して機能を決めている) 4種類のヌクレオチドが、鎖状につながったもので塩基(ATCG)の並び方に意味がある

もう一度、大まかな復習 タンパク質とDNAは、まったく異なる分子です。 タンパク質 DNA 本当はもっと長いが、、 こっちが設計図 こっちが実働部隊

ヒトHoxA13遺伝子DNA SQ Sequence 1167 BP; atgacagcct ccgtgctcct ccacccccgc tggatcgagc ccaccgtcat gtttctctac 60 gacaacggcg gcggcctggt ggccgacgag ctcaacaaga acatggaagg ggcggcggcg 120 gctgcagcag cggctgcagc ggcggcggct gccggggccg ggggcggggg cttcccccac 180 ccggcggctg cggcggcagg gggcaacttc tcggtggcgg ccgcggccgc ggctgcggcg 240 gccgccgcgg ccaaccagtg ccgcaacctg atggcgcacc cggcgccctt ggcgccagga 300 gccgcgtccg cctacagcag cgcccccggg gaggcgcccc cgtcggctgc cgccgctgct 360 gccgcggctg ccgctgcagc cgccgccgcc gccgccgcgt cgtcctcggg aggtcccggc 420 ccggcgggcc cggcggcggc agaggcggcc aagcaatgca gcccctgctc ggcagcggcg 480 cagagctcgt cggggcccgc ggcgctgccc tatggctact tcggcagcgg ctactacccg 540 tgcgcccgca tgggcccgcc ccccaacgcc atcaagtcgt gcccccagcc cccctcggcc 600 gccgccgccg ccgccttcgc ggacaagtac atggataccg ccggcccagc tgccgaggag 660 ttcagctccc gcgctaagga gttcgcgttc taccaccagg gctacgcagc cgggccttac 720 caccaccatc agcccatgcc tggctacctg gatatgccag tggtgccggg cctcgggggc 780 cccggcgagt cgcgccacga acccttgggt cttcccatgg aaagctacca gccctgggcg 840 ctgcccaacg gctggaacgg ccaaatgtac tgccccaaag agcaggcgca gcctccccac 900 ctctggaagt ccactctgcc cgacgtggtc tcccatccct cggatgccag ctcctatagg 960 agggggagaa agaagcgcgt gccttatacc aaggtgcaat taaaagaact tgaacgggaa 1020 tacgccacga ataaattcat tactaaggac aaacggaggc ggatatcagc cacgacgaat 1080 ctctctgagc ggcaggtcac aatctggttc cagaacagga gggttaaaga gaaaaaagtc 1140 atcaacaaac tgaaaaccac tagttaa 1167

HoxA13タンパク質 アミノ酸が388個、つながったタンパク質です(一つのアルファベットが一つのアミノ酸を表しています)。 10 20 30 40 50 60 MTASVLLHPR WIEPTVMFLY DNGGGLVADE LNKNMEGAAA AAAAAAAAAA AGAGGGGFPH     70     80     90     100    110    120 PAAAAAGGNF SVAAAAAAAA AAAANQCRNL MAHPAPLAPG AASAYSSAPG EAPPSAAAAA     130    140     150    160     170    180 AAAAAAAAAA AAASSSGGPG PAGPAGAEAA KQCSPCSAAA QSSSGPAALP YGYFGSGYYP 190 200 210 220 230 240 CARMGPHPNA IKSCAQPASA AAAAAFADKY MDTAGPAAEE FSSRAKEFAF YHQGYAAGPY 250 260 270 280 290 300 HHHQPMPGYL DMPVVPGLGG PGESRHEPLG LPMESYQPWA LPNGWNGQMY CPKEQAQPPH 310 320 330 340 350 360 LWKSTLPDVV SHPSDASSYR RGRKKRVPYT KVQLKELERE YATNKFITKD KRRRISATTN 370 380 390 LSERQVTIWF QNRRVKEKKV INKLKTTS アミノ酸が388個、つながったタンパク質です(一つのアルファベットが一つのアミノ酸を表しています)。

DNAとタンパク質 つまり、DNA(の塩基の配列)はアミノ酸の並び方を決めている指令書(だから遺伝子)なのです。 タンパク質 DNA 3つの塩基(コドン)が1つのアミノ鎖 指令書に従って20種類のアミノ酸の配列が決まる この間を取り持つものがRNA

DNAからタンパク質へ 設計図(遺伝情報、DNA) 遺伝情報とタンパク質の仲立ちとなるRNA タンパク質が構造と機能を実現 転写(transcription) 遺伝情報とタンパク質の仲立ちとなるRNA 翻訳(translation) タンパク質が構造と機能を実現 (セントラル・ドグマ)

DNAからタンパク質へ セントラルドグマ DNAは核から外に出ないので、DNAとタンパク合成の間を取り持つのがメッセンジャーRNA(mRNA)です。

細胞の模式図

サイトゾール 核 DNA リボソーム mRNA 細胞膜 粗面小胞体 ゴルジ装置 原料のアミノ酸

DNAからタンパク質へ 1)DNAからmRNAへ この過程を転写(transcription)と呼びます。

DNAからタンパク質へ 2)mRNAからタンパク質へ この過程を翻訳(translation)と呼びます。

ここでDNAとRNAの違い DNA RNA 1)糖はデオキシ リボース 1)糖はリボース 2)塩基はATCG 2)塩基はAUCG 3)二本鎖  リボース 1)糖はリボース 2)塩基はATCG 2)塩基はAUCG 3)二本鎖 3)一本鎖 細胞は3種類のRNAを使っています。1つ目はすでに出てきたmRNA、2つ目はリボソームの建築材料であるrRNA、3つ目がアミノ酸の運び屋 tRNA

転写の過程 それでは、転写の過程をお話しましょう。 我々は、情報を書き写すためはコピー機を使ったり、鉛筆で筆写したりしますが、核の中では、酵素タンパク質がこの役目を果たします。 酵素の名前は、RNAポリメラーゼです。

ここでもう一度DNAの構造 DNAは、デオキシリボースという糖(Sugar)とリン酸(Phosphate)の骨格から、塩基(Base)が突き出た構造でしたね。それが2本、向かいあっています。

DNA分子を簡単に書くと 5’ PSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPS A T C G A T C G A T C G A T 3’ T A G C T A G C T A G C T A SPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSPSP 3’ 5’ この間が水素結合

転写の過程 RNAの鎖の伸長は必ず5’→3’の方向(酵素の性質による) (5') ATGGAATTCTCGCTC(3')(コード鎖、sense strand) (3') TACCTTAAGAGCGAG(5')(鋳型鎖、antisense strand) (5‘) AUGGAAUUCUCGCUC(3’)(転写された一本鎖RNA) RNAの鎖の伸長は必ず5’→3’の方向(酵素の性質による)

転写の過程 転写の過程を示す動画を見てみましょう。

RNAポリメラーゼ 転写は酵素であるRNAポリメラーゼによって触媒

RNAポリメラーゼ RNAポリメラーゼは、DNAの二重ラセンをほどきながら、二本鎖のうち鋳型となる鎖の塩基の配列を読んで、これと相補的な塩基をもったヌクレオチドを取り込み結合していきます。 RNAの鎖の伸長は必ず5’→3’の方向

転写(頭だし)の過程 DNAの塩基配列にはアミノ酸配列をコードしている領域と、転写の調節に関与する領域があります。 開始コドン(ATG)のすぐ上流には、プロモーターという領域があります。 真核生物では、プロモーター領域にTATAAAという配列が共通して存在します(開始コドン上流30塩基を中心)。

転写(頭だし)の過程 この領域をTATA boxとかホグネス配列とか呼ぶ。 TATA boxに転写因子(タンパク質)が結合。 これを目印にRNAポリメラーゼ(やその他の転写因子)が結合。

転写の方向 プロモーターはRNAポリメラーゼの着地点であるとともに、この酵素がDNA上を滑っていく方向も規定します。 したがって、二本鎖のうちのどちらが鋳型鎖になるかは、プロモーターの配置によって決まることになります。

翻訳の過程 それでは、翻訳の過程をお話しましょう。 すでにお話したように、翻訳とはmRNAをリボソームという塩基語→アミノ酸語変換機にかけて、タンパク質をつくる過程です。 材料であるアミノ酸はどのように調達するのでしょうか。

材料の調達 アミノ酸をリボソームに運ぶ、運び屋が必要です。 それがRNAの一つであるtRNA(transfer RNA、転移RNAとか運搬RNA)です。

tRNAの構造 tRNAが塩基語とアミノ酸語のアダプターとして機能するためには、コドン認識部位とアミノ酸連結部位が必要。 クローバ型モデル

tRNAの構造 特定のアミノ酸を3’に結合 一本鎖内に水素結合 アミノ酸に対応したアンチコドン

tRNAの構造 実際の形は、下の図のようなL字型をしていて、右端にアミノ酸を結合、下端にアンチコドンがあります。

tRNAの構造 3‘末端はCCAで、Aにアミノ酸が結合 アンチコドン部は規則的な3段構造。

tRNAにアミノ酸を付加 アミノアシルtRNA合成酵素が、特定のアミノ酸を対応するtRNAに付加して、サイトゾール中に用意しておく

リボソームの構造

翻訳の場であるリボソーム リボソームはRNAの一つであるrRNA(ribosomal RNA、リボソームRNA)とタンパク質の複合体です。 細胞のなかで働いている、マイクロマシーンの一つといえるでしょう。

リボソームの構造

リボソーム形成には、、、 1)核小体で転写された rRNA 2)サイトゾールで合成されたタンパク質が核へ

リボソームの模式図

翻訳の過程 翻訳の過程を示す動画を見てみましょう。

翻訳の開始 mRNA + リボソーム小顆粒 メチオニンtRNA (P部位に座る) リボソーム大顆粒 隣席のA部位に対応するアミノアシルtRNAが座り、翻訳開始

翻訳の開始

ペプチド鎖の伸長

翻訳の終了

翻訳の終了 mRNA・リボソーム複合体 リボソーム大顆粒 リボソーム小顆粒 大小顆粒はリサイクルされる 完成したタンパク質

サイトゾール 核 DNA リボソーム mRNA 細胞膜 粗面小胞体 ゴルジ装置 原料のアミノ酸

二つの合成経路

サイトゾールでは リボソームがmRNAでつながっている。左の方のリボソームからはペプチド鎖が延びているのが見える。

粗面小胞体では バーは50μm

分泌性タンパク質の合成 先頭にシグナルペプチドが付加している。膜タンパク質の場合も同じ。

細胞内のソーティング リボソーム →サイトゾール →粗面小胞体 →顆粒 →細胞膜 核 ミトコンドリア 葉緑体 ペルオキシゾーム

細胞内のソーティング リボソーム →サイトゾール →粗面小胞体 →顆粒 →細胞膜 核 ミトコンドリア 葉緑体 ペルオキシゾーム

分泌タンパク質の一次構造 翻訳直後の、卵白リゾチームの一次構造は次のとおり     1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 1 Met Arg Ser Leu Leu Ile Leu Val Leu Cys Phe Leu Pro Leu Ala 15 16 Ala Leu Gly Lys Val Phe Gly Arg Cys Glu Leu Ala Ala Ala Met 30 31 Lys Arg His Gly Leu Asp Asn Tyr Arg Gly Tyr Ser Leu Gly Asn 45 46 Trp Val Cys Ala Ala Lys Phe Glu Ser Asn Phe Asn Thr Gln Ala 60 61 Thr Asn Arg Asn Thr Asp Gly Ser Thr Asp Tyr Gly Ile Leu Gln 75 76 Ile Asn Ser Arg Trp Trp Cys Asn Asp Gly Arg Thr Pro Gly Ser 90 91 Arg Asn Leu Cys Asn Ile Pro Cys Ser Ala Leu Leu Ser Ser Asp 105 106 Ile Thr Ala Ser Val Asn Cys Ala Lys Lys Ile Val Ser Asp Gly 120 121 Asn Gly Met Asn Ala Trp Val Ala Trp Arg Asn Arg Cys Lys Gly 135 136 Thr Asp Val Gln Ala Trp Ile Arg Gly Cys Arg Leu マゼンダ色がシグナルペプチド

卵白リゾチーム リゾチーム(lysozyme)は、細菌の細胞壁を構成するN-アセチルムラミン酸とN-アセチルグルコサミン間の結合を切断する。 1 2    3    4    5    6    7    8    9   10  11 12   13 14  15 1 Lys Val Phe Gly Arg Cys Glu Leu Ala Ala Ala Met Lys Arg His 15 16 Gly Leu Asp Asn Tyr Arg Gly Tyr Ser Leu Gly Asn Trp Val Cys 30 31 Ala Ala Lys Phe Glu Ser Asn Phe Asn Thr Gln Ala Thr Asn Arg 45 46 Asn Thr Asp Gly Ser Thr Asp Tyr Gly Ile Leu Gln Ile Asn Ser 60 61 Arg Trp Trp Cys Asn Asp Gly Arg Thr Pro Gly Ser Arg Asn Leu 75 76 Cys Asn Ile Pro Cys Ser Ala Leu Leu Ser Ser Asp Ile Thr Ala 90 91 Ser Val Asn Cys Ala Lys Lys Ile Val Ser Asp Gly Asn Gly Met 105 106 Asn Ala Trp Val Ala Trp Arg Asn Arg Cys Lys Gly Thr Asp Val 120  121 Gln Ala Trp Ile Arg Gly Cys Arg Leu リゾチーム(lysozyme)は、細菌の細胞壁を構成するN-アセチルムラミン酸とN-アセチルグルコサミン間の結合を切断する。

リゾチームの比較 □部分はシグナル、赤字のアミノ酸が異なる 活性部位:E:グルタミン酸、D:アスパラギン酸 1 11 21 31 41 eggwhite MRSLLILVLC FLPLAALGKV FGRCELAAAM KRHGLDNYRG YSLGNWVCAA human MKALIVLGLV LLSVTVQGKV FERCELARTL KRLGMDGYRG ISLANWMCLA 51 61 71 81 91 eggwhite KFESNFNTQA TNRN-TDGST DYGILQINSR WWCNDGRTPG SRNLCNIPCS Human KWESGYNTRA TNYNAGDRST DYGIFQINSR YWCNDGKTPG AVNACHLSCS 101 111 121 131 141 eggwhite ALLSSDITAS VNCAKKIVSD GNGMNAWVAW RNRCKGTDVQ AWIRGCRL human ALLQDNIADA VACAKRVVRD PQGIRAWVAW RNRCQNRDVR QYVQGCGV □部分はシグナル、赤字のアミノ酸が異なる 活性部位:E:グルタミン酸、D:アスパラギン酸 SS結合:24-145(146), 48-133(134), 82(83)-98(99), 94(95)-112(113)

ヒトリゾチーム ヒトでは、涙のなかに含まれていて殺菌に寄与する。他に免疫にも関与する 1 2    3    4    5    6    7    8    9   10  11 12   13 14  15 1 Lys Val Phe Glu Arg Cys Glu Leu Ala Arg Thr Leu Lys Arg Leu 15 16 Gly Met Asp Gly Tyr Arg Gly Ile Ser Leu Ala Asn Trp Met Cys 30 31 Leu Ala Lys Trp Glu Ser Gly Tyr Asn Thr Arg Ala Thr Asn Tyr 45 46 Asn Ala Gly Asp Arg Ser Thr Asp Tyr Gly Ile Phe Gln Ile Asn 60 61 Ser Arg Tyr Trp Cys Asn Asp Gly Lys Thr Pro Gly Ala Val Asn 75 76 Ala Cys His Leu Ser Cys Ser Ala Leu Leu Gln Asp Asn Ile Ala 90 91 Asp Ala Val Ala Cys Ala Lys Arg Val Val Arg Asp Pro Gln Gly 105 106 Ile Arg Ala Trp Val Ala Trp Arg Asn Arg Cys Gln Asn Arg Asp 120 121 Val Arg Gln Tyr Val Gln Gly Cys Gly Val ヒトでは、涙のなかに含まれていて殺菌に寄与する。他に免疫にも関与する

ヒトリゾチーム 黄色い棒がSS結合

ヒトリゾチーム 活性部位:E:グルタミン酸とD:アスパラギン酸が向かい合う位置関係になります。鋏の上の刃と下の刃になるのです。

ヒトリゾチーム SS結合が4本あって、三次構造に寄与している。SS結合というのは、2つのシステインの側鎖-CH2SHのSHが、 1 2    3    4    5    6    7    8    9   10  11 12   13 14  15 1 Lys Val Phe Glu Arg Cys Glu Leu Ala Arg Thr Leu Lys Arg Leu 15 16 Gly Met Asp Gly Tyr Arg Gly Ile Ser Leu Ala Asn Trp Met Cys 30 31 Leu Ala Lys Trp Glu Ser Gly Tyr Asn Thr Arg Ala Thr Asn Tyr 45 46 Asn Ala Gly Asp Arg Ser Thr Asp Tyr Gly Ile Phe Gln Ile Asn 60 61 Ser Arg Tyr Trp Cys Asn Asp Gly Lys Thr Pro Gly Ala Val Asn 75 76 Ala Cys His Leu Ser Cys Ser Ala Leu Leu Gln Asp Asn Ile Ala 90 91 Asp Ala Val Ala Cys Ala Lys Arg Val Val Arg Asp Pro Gln Gly 105 106 Ile Arg Ala Trp Val Ala Trp Arg Asn Arg Cys Gln Asn Arg Asp 120 121 Val Arg Gln Tyr Val Gln Gly Cys Gly Val SS結合が4本あって、三次構造に寄与している。SS結合というのは、2つのシステインの側鎖-CH2SHのSHが、 ーS-S-という形になること。

膜タンパク質 糖鎖 タンパク質 脂質の二重膜(lipid bilayer)である。

細胞内のソーティング リボソーム →サイトゾール →粗面小胞体 →顆粒 →細胞膜 核 ミトコンドリア 葉緑体 ペルオキシゾーム

膜タンパク質の場合

膜タンパク質の場合

タンパク質の形が重要 タンパク質の立体構造がいかに大切かということが、よくわかりますよね。 熱を加えたり、pHが偏ったりすると、この形が崩れて、酵素としての働きが失われてしまいます。 酵素に活性を表すための、最適温度や最適pHが存在するのはこのためです。

きょうはちょっと難しかった? かもしれませんが、皆が知りたいと思っている突然変異や生物の形作りを知るためには、避けて通れないところなので、ついてきてくださいね。 次回は、細胞が数を増やす、について話しましょう。お楽しみに。