「画像科学」夏の学校 2012.09.25 - 28 於 岐阜県土岐市 核融合科学センター ImageJ の基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター (CMCI) 欧州分子生物学研究所（ EMBL ） ハイデルベルク 三浦耕太 - 経歴 - ICU ヤクザルの生態調査、キュウリの発生.

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1 「画像科学」夏の学校 2012.09.25 - 28 於 岐阜県土岐市 核融合科学センター ImageJ の基礎からマクロの書き方まで 分子・細胞イメージングセンター (CMCI) 欧州分子生物学研究所（ EMBL ） ハイデルベルク 三浦耕太 - 経歴 - ICU ヤクザルの生態調査、キュウリの発生 阪大真性粘菌 単細胞の運動、極性の自己形成 ミュンヘン大学細胞性粘菌 多細胞の運動 走光性 EMBL 走光性・光学流動法 ＞ 画像解析

2 Experiments -> Microscopy -> Image Processing -> Image Analysis Project Model 1 Experiments Image Analysis Image Processing Microscopy Project Model 2 Image Analysis in Biology Recursive Model

3 Centre for Molecular and Cellular Imaging (CMCI) @EMBL The Concept of CMCI networkUnits Groups EMBL 1. Tree-like human resources structure in EMBL Units Groups EMBL 2. Association of researchers crossing over different labs and units  “CMCI as a meta-system, network” C M C I Research Units Facilities e.g. ALMF GenomeCell Bio. & BiophysicsDev. Bio. Kota Miura (miura@embl.de)

4 Overview of CMCI … Promoting Image Processing and Analysis - Teaching Courses - Organize seminars - Consulting - Collaborations 、 Research - Developments Teaching in many places: EU (EMBO courses), Germany, France, Belgium, Switzerland, Austria, Italy, Finland, Sweden, Singapore, Spain → see web site: cmci.embl.de

5 NIHimage (ScionImage) 1993 – 2002? IgorPro, C 1999 - 2004 ImageJ2003 – 現在 画像解析のプラットフォーム ( 私の場合 ) 他のポピュラーなプラットフォーム - Matlab - Amira

6 Wayne, 2012.05 @ Barcelona ImageJ の利点・欠点 利点 - オープンソース - 膨大な人数の開発者コミュニティ - 20 年来の蓄積 - プラットフォーム・フリー - 多様なスクリプト言語 - GUI ＆ CUI 欠点 - プラグインのコードの信頼性 - 機能が多すぎる（複雑＋未整理） - 速度 一般化 vs 特殊化

7 チュートリアル 必要事項 Fiji のインストール fiji.sc/Downloads/ sample image loader plugin のインストール cmci.embl.de/downloads/sampleimageloader ( あとでよい ) ParticleTracker cmci.embl.de/downloads/ … 若干速めに進行します。