Purl 設計 打ち合わせ資料 2012 年 5 月 30 日 1. アジェンダ Purl 設計の基本方針（案） Purl アプリケーションの機能、操作紹介 Purl の使用例 2.

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1 Purl 設計 打ち合わせ資料 2012 年 5 月 30 日 1

2 アジェンダ Purl 設計の基本方針（案） Purl アプリケーションの機能、操作紹介 Purl の使用例 2

3 資料 Purl のマニュアル、ヘルプ – http://purl.jp/docs/help.html http://purl.jp/docs/help.html 3

4 Purl 設計の基本方針（案） “http://purl.jp” の以下（ドメイン名など）は、後述のルール に則り、ユーザ（各研究開発グループ）が自由に設計、デザ インできるようにする。 ルール１． – “http://purl.jp” の直後に、必ずドメイン名を付けるようにする。 識別記号、番号はドメイン名の後ろに付ける。 例、 http://purl.jp/nbdc/term0000000001 ルール２． – “http://purl.jp” の直後のドメイン名に、一般的な名称を付ける ことを避ける。 例、 http://purl.jp/compound/0000000001 （ compound が一般名称のため 不適切） ドメイン名 ontology は？ ルール３． – ドメイン名は、管理者（ NBDC ）の承認の後、使用できるものと する。 ルール４． – ドメイン名は、後ろに複数のサブドメインを持つことを認める。 例、 http://purl.jp/nbdc/ontology/test/0000000001 4

5 Purl の各部分の名称 http://purl.jp/docs/help.html#overview 5 jp

6 Purl アプリケーションの機能、操作紹介 6

7 Purl アプリケーションの操作概 要 ユーザー登録（ ID, PW など） 管理者によるユーザー登録の承認 新規ドメインの作成 – 作成したドメインは指定するユーザーのみ使 用可能 管理者によるドメイン名の承認 Purl とターゲット（オリジナル） URI の設 定 7

8 ユーザー登録 8

9 管理者によるユーザー登録の承認 9

10 新規ドメインの作成 10 jp

11 管理者によるドメイン名の承認 11

12 Purl とターゲット URI の設定 12 Purl“http://purl.jp/nbdc/test/term0000000001” ⇒ Target URI“http://wg.biosciencedbc.jp”

13 片山先生からの提案 RDF を生成するにあたり大量の URL を新規に 生成する必要があるが、名前空間を指定すると まだ使われていない ID を返してくれるような サービスがあれば便利で付加価値にもなる。 「 http://purl.jp/ 名前空間 / 」を指定して API に問 い合わせすると、まだ使われていない ID を生 成・予約して「 http://purl.jp/ 名前空間 / 新規 ID 」 を 返してくれるイメージ。 http://purl.jp/ 名前空間 / http://purl.jp/ 名前空間 / 13

14 Create an Advanced PURL http://purl.jp/docs/help.html#purladvcreate 14

15 Advanced PURL Partial PURL PURLs 設定 – （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialexample/ – （ Target ） http://example.com/partialtest/ 処理例１ – (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo/bar/baz – (Target) http://example.com/partialtest/foo/bar/baz 処理例 2 – (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo?bar=baz – (Target) http://example.com/partialtest/foo?bar=baz 15

16 Advanced PURL Partial-append-extension PURLs 設定 – （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialappendextension/ （ Target ） http://example.com/partialappendtest/ 処理例１ – (PURL) http://localhost:8080/net/partialappendextension/foo/bar/bam?id=fizzle – (Target) http://example.com/partialappendtest/bar/bam.foo?id=fizzle 拡張子を、クエリーストリングの前に付与す る 16

17 Advanced PURL Partial-ignore-extension PURLs 設定 – （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialignoreextension/ （ Target ） http://example.com/partialignoretest/ 処理例１ – (PURL) http://localhost:8080/net/partialignoreextension/foo.html – (Target) http://example.com/partialignoretest/foo 拡張子を取り除く 17

18 Advanced PURL Partial-replace-extension PURLs 設定 – （ PURL ） http://localhost:8080/record/ – （ Target ） http://example.com/records/ 処理例１ – (PURL) http://localhost:8080/record/htm/foo/bar.html – (Target) http://example.com/records/foo/bar.htm 拡張子の入れ替え。 18

19 バッチ処理 API によるバッチ処理機能がある。 – 確認中 – http://purl.jp/docs/help.html#purls http://purl.jp/docs/help.html#purls – http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLBatchUploa dingVersionOne http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLBatchUploa dingVersionOne – http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLRESTAPI http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLRESTAPI 19 uche …

20 Purl の使用例 20

21 UniProt の URI 例 http://purl.uniprot.org/uniprot/P12345 http://purl.uniprot.org/enzyme/1.3.1.47 http://purl.uniprot.org/go/0000953 http://purl.uniprot.org/journals/3523 http://purl.uniprot.org/keywords/90 http://purl.uniprot.org/locations/476 http://purl.uniprot.org/tissues/2 http://purl.uniprot.org/unipathway/611 21 ホスト名 ドメイン PURL ネーム PURL id

22 Allie http://purl.org/allie/id/shortform/165493 http://purl.org/allie/id/longform/694079 http://purl.org/allie/ontology/201102# 22 ホスト名 ドメイン PURL ネーム PURL id

23 BioPortal の URI 例（オントロジー） http://purl.bioontology.org/ontology/tJADNI2/beta_amyloid Bioportal ontology 共通オントロジー 登録時に入力 した情報 （ ONTOLOG Y ABBREVIATI ON ） オントロジー のクラス名 23 ホスト名 ドメイン PURL ネーム PURL id

24 オントロジーの例 例３． National Drug Files ontology http://purl.bioontology.org/ontology/NDFRT/N0000001689 http://purl.bioontology.org/ontology/NDFRT/N0000001689 例４． Cell type ontology http://purl.org/obo/owl/CL#CL_0000610 http://purl.org/obo/owl/CL#CL_0000610 24 ホスト名 ドメイン PURL ネーム PURL id

25 PDB/RDF の URI 例 Subject:http://pdbj.org/rdf/1GOF/entity/1 Property: PDBo:link_to_enzyme Object: http://purl.uniprot.org/enzyme/1.1.3.9 25 ホスト名 ドメイン PURL ネーム PURL id

26 タイムスケジュール ・ 2012 年 3 月 19 日 purl のテスト環境提供 (http://purl.biosciencedbc.jp/) ・ 5 月 7 日http://purl.biosciencedbc.jp/ purl.jp サーバー立ち上げ。 purl.jp 運用準備完了。 ・ 5 月中旬 URI 設計の基本方針検討（ NBDC 内部） 実務者連絡会メーリングリストで URI 設計について意見募集 ・ 5 月 30 日 URI 設計方針の打ち合わせ（実務者連絡会有志） ・ 6 月中旬までに purl.jp 設計の基本方針決定 ・ 6 月中旬から下旬 purl.jp 運用開始 26