生物統計学・第 15 回 エラーを調べる －第一種の過誤、第二種の過誤、外れ値 － 2016 年 1 月 26 日 生命環境科学域 応用生命科学類 尾形 善之.

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1 生物統計学・第 15 回 エラーを調べる －第一種の過誤、第二種の過誤、外れ値 － 2016 年 1 月 26 日 生命環境科学域 応用生命科学類 尾形 善之

2 いよいよ最終回です ★今日の流れ ♦ 期末レポートの説明 ♦ 2 種類のエラー ♦ 外れ値の検定 ♦ ちょっと雑談 ♦ 簡単な課題 ♦ 早めに、期末レポートの作業開始

3 期末レポートの概要 ★提出期限 ♦ 2016 年 2 月 12 日（金） 必着 ★提出方法 ♦ 直接提出する B11 棟 4 階 413 号室（または 418 号室）に印刷物を提 出 ♦ メールで提出する メールにワードファイルを添付 「 ogata@plant.osakafu-u.ac.jp 」 ♦ 選んだコース名（後で説明）を必ず書いてく ださい。

4 期末レポートの書式 ★他の学生実験のレポートに準じます。 ♦ タイトル ♦ 目的 ♦ 材料 ♦ 方法 ♦ 結果 ♦ 考察 ♦ 感想 これらを含めてください。

5 期末レポートの内容 ★使うデータ ♦ 「 biostat15finaldata.txt 」 いつものサイトの「期末レポート」の「扱うデー タ」の右端のテキストの絵を右クリックして保存す る。 ★作業方法 ♦ こだわりコース（ 25 点） これまで学んだ方法とさまざまな方法を駆使して解 析する。 ♦ おまかせコース（ 15 点） 手順書（概略のみ）通りに解析を進める。 – いつものようなコマンドまでは書いていませ ん !!

6 データの説明 ★ 36 実験の遺伝子発現データ ♦ シロイヌナズナ ♦ 4 系統、時系列 3 時点、 3 反復 ♦ 提供するデータは反復なしの 12 実験のデータ です。 ♦ データの概要 次世代シーケンサー（ Illumina 社 HiSeq2000 ） 塩基長： 76 塩基 配列数： 900,224,946 配列（ 900 メガ配列、 9 億配 列）

7 実験の概要 ★シロイヌナズナの 4 系統 ♦ Col-0 と Sei-0 コントロール（野生種） ♦ Fcs と Fsc ： Col-0 と Sei-0 との交雑種 菌感染の耐性が高いとされている（雑種強勢）。 ★菌の感染 ♦ Pseudomonas syringae (Pst DC3000) 感染すると、過敏感細胞死が誘導される。 ★時系列データ ♦ 感染後： 1 日目、 2 日目、 3 日目

8 研究目的 ★雑種の菌感染時に特異的に発現する遺 伝子を探す。 ♦ 雑種の実験の負荷量の絶対値が大きい主成分を 選ぶ（主成分 A とする）。 ♦ 主成分 A で得点の絶対値が大きい遺伝子を探す。 ♦ これらの遺伝子は菌感染に関係がある可能性が ある。

9 こだわりコース

10 おまかせコース ★合計点： 15 点 ♦ 何をしていいか分からない人向きです。 ♦ 手順書に従って進めます。 ♦ ただし、コマンドは書いていません。 これまでの手順書のコマンドを利用してください。 ★評価のポイント ♦ 手順書通りに解析できているか。 ♦ 考察の妥当性

11 コース選択のおすすめ ★「おまかせコース」の手順書通りに 進めて、それ以外の解析をいくつか 混ぜる。 ♦ この場合も、「こだわりコース」として考え ます。 ♦ 検定、相関係数など。

12 検査で陽性検査で陰性合計 実際に陽性 7 1 8 実際に陰性 389 92 合計 1090100

13 2 種類のエラー ★偽陽性 False Positive ♦ 検査で陽性だが実際は陰性 「第一種の過誤（誤り）」「あわてんぼうのエラー」 FDR は、こちらのエラーだけを評価している。 ★偽陰性 False Negative ♦ 検査で陰性だが実際は陽性 「第二種の過誤（誤り）」「うっかりもののエラー」 ★意識しないとどちらかのエラーを忘れ がち

14 2 種類のエラーに関する 4 項目 ★ True positive ( TP ) ♦ 調べて陽性のものが、実際に陽性。 ★ True negative ( TN ) ♦ 調べて陰性のものが、実際に陰性。 ★ False positive ( FP ) ♦ 調べて陽性のものが、実際には陰性。 ★ False negative ( FN ) ♦ 調べて陰性のものが、実際には陽性。

15 2 種類のエラーを評価する指 標 2 種類のエラーをひと つの指標で評価

16 医療検査と 2 種類のエラー ★ある病気の検査方法の信頼度は？ 検査で 陽性 検査で 陰性 実際に 陽性 True Positive 8 False Negative 0 8 実際に 陰性 False Positive 12 True Negative 80 92 2080

17 医療検査と 2 種類のエラー 偽陽性 検査で陽性精密検査で陰性ほっとひと息 偽陰性 検査で陰性実は陽性これは困る

18 情報検索と 2 種類のエラー ★あるブラウザの検出の信頼度は？ ブラウザで ヒット ブラウザで ノーヒット 目的の ページ 80 8 関係ない ページ 992999,000 999,992 1000999,000

19 情報検索と 2 種類のエラー ★あるブラウザの検出の信頼度は？ ブラウザで ヒット ブラウザで ノーヒット 目的の ページ 35 8 関係ない ページ 7999,985 999,992 10999,990

20 情報検索と 2 種類のエラー 偽陽性 ブラウザでヒット実は外れ これが多すぎると困 る 偽陰性 ブラウザでヒットせ ず 実は当たり ひとつも当らないと 困る

21 外れ値

22 グラブスの検定 AB 13531 22627 3418 平均 3422 SD610 長さ 6042 実験数 5%1% 31.1531.155 どちらも 1% の危険率で有意に外れ る

23 今日の課題・ 1 検査で陽性検査で陰性 実際に 陽性 True Positive 7 False Negative 1 8 実際に 陰性 False Positive 3 True Negative 89 92 1090

24 今日の課題・ 2 ★「生物統計学」の感想を書いてくだ さい。