生物統計学・第 14 回 Perl を使いこなす インストール、プログラミング 2014 年 1 月 20 日 生命環境科学域 応用生命科学 類 尾形 善之.

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1 生物統計学・第 14 回 Perl を使いこなす インストール、プログラミング 2014 年 1 月 20 日 生命環境科学域 応用生命科学 類 尾形 善之

2 本日の予定 ★ノートパソコン組 ♦ 実習 ★スクリーン組 ♦ 実演

3 本日の内容 ★今日は課題はありません！ ★座学 ♦ チェックポイントがあります ★ノートパソコン組 ♦Perl の作業について TA に尋ねてください ★スクリーン組 ♦Perl の作業を実演します

4 その前に …… 前回の復習 ★主成分分析の解釈 ♦ データの特徴を理解する 遺伝子と実験条件を把握する ♦ 寄与率を調べる 何番目の主成分まで考察に使えるか ♦ 負荷量を調べる 実験条件と主成分との関係を把握する ♦ 得点を調べる 遺伝子と主成分の関係を把握する ♦biplot 負荷量（実験条件）と得点（遺伝子）を合わせる

5 主成分分析：データの特徴 ★各組織での遺伝子発現データ ♦ 目的 どの組織でどの遺伝子が発現しているかを知る ♦ データサイズ 実験条件と遺伝子の数 ♦ 実験条件の特徴 どんな組織のデータか

6 主成分分析：寄与率 ★何番目の主成分まで考察に使えるか ♦ 累積で何パーセントまで有効か

7 主成分分析：負荷量 ★主成分と負荷量の関係 ♦ どの主成分とどの実験条件が関係しているか

8 主成分分析：得点 ★主成分と得点の関係 ♦ どの主成分とどの遺伝子が関係しているか

9 主成分分析： biplot ★負荷量と得点を合わせて見る ♦ 同じ方向の矢印と点の組み合わせに注目

10 主成分分析 ★解釈があまり理解できなかった人は、 必ずこのスライドをダウンロードし て復習しておいてください！

11 まずは座学 ★ Perl とは ♦ プログラミング言語 高速（低級）言語：速いが理解しにくい、 C 、 Java 汎用（高級）言語：理解しやすいが遅い、 Perl 、 PHP 他に特殊用途の言語： R （統計解析用）

12 Perl と統計解析 ★役割分担 ♦ データ解析： R やエクセル 実際の統計解析 ♦ データ処理： Perl 統計解析用データの作成や解析結果の加工

13 インストール ★ Macintosh (MacOSX) ♦ インストールは不要です ★ Windows ♦ActivePerl ♦Perl を始めよう ♦ サクラエディタ

14 作業の基本 ★テキストエディタに作文（命令文） していく ★作文したものを Perl で実行する

15 チェックポイント ★ Perl 言語と C 言語の主な違いは？ ★ Perl の作業の基本は？

16 ノートパソコン組の作業 ★ Perl のインストール ★ Perl の動作確認 ★ Hello world の表示 ★実用的なスクリプトに挑戦

17 スクリーン組 ★これから Perl の実演に入ります

18 今日の実演内容 ★ Perl のインストール ★ Perl の動作確認 ★ Hello world の表示 ★実用的なスクリプトの紹介

19 次回の予告 ★次回は最終回です。 ♦ 期末試験の概要 2 月 3 日（月） 1 コマ目、大講義室 ♦ 統計解析の総括、リクエスト ♦ 私の研究の紹介（時間があれば） ♦ 次回のレポートは返却しません！ いつもノート代わりにしている人は注意して下さい

20 課題の解答について ★今週中にアップロードしておきます。 ★疑問点があれば、来週の最終講義の レポートに書いてください。 ♦ 尾形ラボかポータルで答えます

21 アンケート 1. これまでの統計解析や他の統計解析 で、もう一度話してほしいものを挙 げてください。