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Published byしょうこ のえ Modified 約 8 年前
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eduDV クリックしてください ネオン (Ne) 原子の電子(波動関数)を 計算して三次元可視化してみましょう! 10 Ne
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00. Automatic 【データ自動入力 】 クリックしてください 10 Ne
3
AUTO 21. 対称なし 【単原子】 クリックしてください 10 Ne
4
Atom 原子番号 01 ~ 20 クリックしてください 10 Ne
5
10 Ne Neon [He] 2s 2 2p 6 クリックしてください 10 Ne
6
「 f01 」タグが 表に出ています f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル 10 Ne
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f08e ネオン原子の電子 (原子軌道関数) のエネルギー準位表 軌道名 エネルギー (eV) 電子数 10 Ne
8
「 f01 」タグをクリッ ク して表に出して下さ い f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル 10 Ne
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VESTA クリックしてください F01 がアクティブ な 状態で VESTA を 起動します 10 Ne
10
Properties … クリックしてください 10 Ne
11
Properties ダイアログボックス Unit cell ( 単位格子 ) Line ( 線 ) Do not show ( 非表示 ) OK 10 Ne
12
Edit – Edit Data – Volumetric Data… 10 Ne
13
Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ 10 Ne
14
Ne2p-1p1.scat ネオンの 2p x 軌道 1m1: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =-1, : p y 軌道 1p1: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =+1, : p x 軌道 10: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =0, : p z 軌道 10 Ne
15
1. Add to current data 2. OK 10 Ne
16
2. OK 10 Ne 1. Apply
17
Properties… 等値表面(曲面)の 値を変更する 10 Ne
18
Isosurfaces タ グ 10 Ne Isosurface level: 0.002 等値表面(曲面)の値が大きすぎる (波動関数の図が小さすぎる)ので、 値を小さくして図を大きくする クリッ ク
19
OK 10 Ne
20
拡大 (Zoom in) 10 Ne
21
ドラッグして波動関数 (等値曲面図)を回転さ せる 10 Ne
22
Show model のチェックを外 す 10 Ne
23
Rotation modes: Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
24
File – Exit で VESTA を終 了 10 Ne
25
いいえ( N) 10 Ne
26
ファイル (F) – 全終了 (Q) 秀丸エディタを終了します 10 Ne
27
eduDV クリックしてください アルゴン (Ar) 原子の電子(波動関数)を 計算して三次元可視化してみましょう! 18 Ar
28
00. Automatic 【データ自動入力 】 クリックしてください 18 Ar
29
AUTO 21. 対称なし 【単原子】 クリックしてください 18 Ar
30
Atom 原子番号 01 ~ 20 クリックしてください 18 Ar
31
18 Ar Argon [Ne] 3s 2 3p 6 クリックしてください 18 Ar
32
「 f01 」タグが 表に出ています f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル 18 Ar
33
f08e アルゴン原子の電子 (原子軌道関数) のエネルギー準位表 軌道名 エネルギー (eV) 電子数 18 Ar
34
「 f01 」タグをクリッ ク して表に出して下さ い f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル 18 Ar
35
VESTA クリックしてください F01 がアクティブ な 状態で VESTA を 起動します 18 Ar
36
Properties … クリックしてください 18 Ar
37
Properties ダイアログボックス Unit cell ( 単位格子 ) Line ( 線 ) Do not show ( 非表示 ) OK 18 Ar
38
Edit – Edit Data – Volumetric Data… 18 Ar
39
Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ 18 Ar
40
Ar3p-1p1.scat アルゴンの 3p x 軌 道 1m1: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =-1, : p y 軌道 1p1: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =+1, : p x 軌道 10: l ( 方位量子数 ) =1, m ( 磁気量子数 ) =0, : p z 軌道 18 Ar
41
Add to current data OK 18 Ar
42
2. OK 1. Apply
43
Properties… 等値表面(曲面) の値を変更する 18 Ar
44
Isosurfaces タ グ 18 Ar Isosurface level: 0.1 等値表面(曲面)の値が小さすぎる (波動関数の図が大きすぎる)ので、 値を大きくして図を小さくする クリッ ク
45
OK 18 Ar
46
拡大 (Zoom in) 18 Ar
47
ドラッグして波動関数 (等値曲面図)を回転さ せる 18 Ar
48
Show model のチェックを外 す 18 Ar
49
Animation を選択 18 Ar 2p x 軌道と違い 、 3p x 軌道は位相 が入れ子構造 Tools タグをクリッ ク
50
File – Exit で VESTA を終 了 18 Ar
51
いいえ( N) 18 Ar
52
ファイル (F) – 全終了 (Q) 秀丸エディタを終了します 18 Ar
53
eduDV クリックしてください 水 (H 2 O) 分子の電子(波動関数)を 計算して三次元可視化してみましょう! H2OH2O
54
00. Automatic 【データ自動入力 】 クリックしてください H2OH2O
55
AUTO 07. C 2v 対称 【折れ線 AB 2 型分子 】 クリックしてください H2OH2O
56
c2v12n ( ノンスピン版 ・全自動実行 )… クリックしてください H2OH2O
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H 2 O 水分子 ノンスピン 版 クリックしてください H2OH2O
58
「 f01 」タグが 表に出ています f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
59
f08e 水分子の電子 (分子軌道) のエネルギー準位表 軌道名 エネルギー (eV) 電子数 HOMO = 1b 2 軌道, LUMO = 4a 1 軌道
60
「 f01 」タグをクリッ ク して表に出して下さ い f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
61
VESTA クリックしてください F01 がアクティブ な 状態で VESTA を 起動します
62
Properties … クリックしてください H2OH2O
63
Properties ダイアログボックス Unit cell ( 単位格子 ) Line ( 線 ) Do not show ( 非表示 ) OKOK H2OH2O
64
H2OH2O Edit – Edit Data – Volumetric Data…
65
H2OH2O Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
66
005_1b2.sca 水の 1b 2 分子軌道 004_3a1: 3a 1 分子軌道 (HOMO-1) 005_1b2: 1b 2 分子軌道 (HOMO) 006_4a1: 4a 1 分子軌道 (LUMO) H2OH2O
67
Add to current data OK H2OH2O
68
H2OH2O 2. OK 1. Apply
69
Properties… 等値表面(曲面)の 値を変更する H2OH2O
70
H2OH2O Isosurface level: 0.002 等値表面(曲面)の値が大きすぎる (波動関数の図が小さすぎる)ので、 値を小さくして図を大きくする Isosurfaces タグ クリッ ク
71
OK H2OH2O
72
拡大 (Zoom in) H2OH2O
73
ドラッグして波動関数 (等値曲面図)を回転さ せる H2OH2O
74
H2OH2O Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
75
Drag に戻す H2OH2O
76
H2OH2O Edit – Edit Data – Volumetric Data…
77
Delete 005_1b2.sca ファイル (HOMO) をクリックして 選択 反転、 Delete ボタンで削 除 H2OH2O
78
H2OH2O Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
79
006_4a1.sca 水の 4a 1 分子軌道 004_3a1: 3a 1 分子軌道 (HOMO-1) 005_1b2: 1b 2 分子軌道 (HOMO) 006_4a1: 4a 1 分子軌道 (LUMO) H2OH2O
80
Add to current data OK H2OH2O
81
H2OH2O 2. OK 1. Apply
82
Properties… 等値表面(曲面)の 値を変更する H2OH2O
83
H2OH2O 等値表面(曲面)の値が大きすぎる (波動関数の図が小さすぎる)ので、 値を小さくして図を大きくする Isosurface level: 0.02 Isosurfaces タグ クリッ ク
84
OK H2OH2O
85
拡大 (Zoom in) H2OH2O
86
ドラッグして波動関数 (等値曲面図)を回転さ せる H2OH2O
87
H2OH2O Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
88
H2OH2O Drag に戻す
89
H2OH2O Edit – Edit Data – Volumetric Data…
90
Delete 006_4a1.sca ファイル (LUMO) をクリックして選 択 反転、 Delete ボタンで削 除 H2OH2O
91
H2OH2O Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
92
CHG3D.scat 水の電子密度 CHG3D: 水分子の電子密度 POT3D: 水分子の静電ポテンシャ ル H2OH2O
93
Add to current data OK H2OH2O
94
H2OH2O Import… Surface coloring: 等値表面の彩色に用いるデータ
95
POT3D.scat 水の静電ポテンシャ ル CHG3D: 水分子の電子密度 POT3D: 水分子の静電ポテンシャ ル H2OH2O
96
Add to current data OK H2OH2O
97
H2OH2O 2. OK 1. Apply
98
Properties… 等値表面(曲面)の 値を変更する H2OH2O
99
H2OH2O 等値表面(曲面)の値が大きすぎる (電子密度の図が小さすぎる)ので、 値を小さくして図を大きくする Isosurface level: 0.02 Isosurfaces タグ クリッ ク
100
OK H2OH2O
101
拡大 (Zoom in) H2OH2O
102
ドラッグして静電ポテンシャルマッ プ (等値曲面彩色図)を回転させる H2OH2O 静電ポテンシャルマップ ~電子の僅かな偏りを見る ~ 赤い箇所: δ − 電子の多い所 青い箇所: δ + 電子の少ない所
103
H2OH2O Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
104
H2OH2O Drag に戻す
105
File – Exit で VESTA を終 了 H2OH2O
106
いいえ( N) H2OH2O
107
ファイル (F) – 全終了 (Q) 秀丸エディタを終了します H2OH2O
108
eduDV クリックしてください ベンゼン (C 6 H 6 ) の電子(波動関数)を 計算して三次元可視化してみましょう! C6H6C6H6
109
00. Automatic 【データ自動入力 】 クリックしてください C6H6C6H6
110
AUTO 13. D 6h 対称 【 A 6 B 6 型分子】 クリックしてください C6H6C6H6
111
d6h66n ( ノンスピン 版 ・全自動実 行 ) クリックしてください C6H6C6H6
112
C 6 H 6 ベンゼン分子 ノンスピン版 クリックしてください C6H6C6H6
113
「 f01 」タグが 表に出ています f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
114
f08e ベンゼン分子の電子 (分子軌道) のエネルギー準位表 軌道名 エネルギー (eV) 電子数 HOMO = 1e 1g LUMO = 1e 2u
115
F08E.hlgap ベンゼン分子の HOMO と LUMO の エネルギー差 eV cm -1 ( 波数 ) nm( 波長 ) HOMO = 1e 1g LUMO = 1e 2u
116
「 f01 」タグをクリッ ク して表に出して下さ い f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
117
VESTA クリックしてください F01 がアクティブな 状態で VESTA を 起動します
118
Properties … クリックしてください C6H6C6H6
119
Properties ダイアログボックス Unit cell ( 単位格子 ) Line ( 線 ) Do not show ( 非表示 ) OK C6H6C6H6
120
C6H6C6H6 Edit – Edit Data – Volumetric Data…
121
C6H6C6H6 Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
122
020_1e1g.sca 020_1e1g: 1e 1g (HOMO) 021_1e1g: 1e 1g (HOMO) 022_1e2u: 1e 2u (LUMO) 023_1e2u: 1e 2u (LUMO) C6H6C6H6 二重縮退 縮退:同じエネルギー準位で 完全に重なり合っていること エネルギーは重なり合って いるが、波動関数の形は違う
123
Add to current data OK C6H6C6H6
124
C6H6C6H6 2. OK 1. Apply
125
拡大 (Zoom in) C6H6C6H6
126
ドラッグして波動関数 (等値曲面図)を回転さ せる C6H6C6H6
127
C6H6C6H6 Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
128
C6H6C6H6 Drag に戻す
129
C6H6C6H6 Edit – Edit Data – Volumetric Data…
130
Delete 020_1e1g.sca ファイル (HOMO) をクリックして 選択 反転、 Delete ボタンで削 除 C6H6C6H6
131
C6H6C6H6 Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
132
022_1e2u.sca 020_1e1g: 1e 1g (HOMO) 021_1e1g: 1e 1g (HOMO) 022_1e2u: 1e 2u (LUMO) 023_1e2u: 1e 2u (LUMO) C6H6C6H6 二重縮退 縮退:同じエネルギー準位で 完全に重なり合っていること エネルギーは重なり合って いるが、波動関数の形は違う
133
Add to current data OK C6H6C6H6
134
C6H6C6H6 2. OK 1. Apply
135
C6H6C6H6 Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
136
C6H6C6H6 Drag に戻す
137
C6H6C6H6 Edit – Edit Data – Volumetric Data…
138
Delete 022_1e2u.sca ファイル (LUMO) をクリックして選 択 反転、 Delete ボタンで削 除 C6H6C6H6
139
C6H6C6H6 Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
140
CHG3D.scat CHG3D: 水分子の電子密度 POT3D: 水分子の静電ポテンシャ ル C6H6C6H6
141
Add to current data OK C6H6C6H6
142
C6H6C6H6 Import… Surface coloring: 等値表面の彩色に用いるデータ
143
POT3D.scat CHG3D: 水分子の電子密度 POT3D: 水分子の静電ポテンシャ ル C6H6C6H6
144
Add to current data OK C6H6C6H6
145
C6H6C6H6 2. OK 1. Apply
146
Properties… 等値表面(曲面)の 値を変更する C6H6C6H6
147
等値表面(曲面)の値が大きすぎる (電子密度の図が小さすぎる)ので、 値を小さくして図を大きくする C6H6C6H6 Isosurface level: 0.02 Isosurfaces タグ クリッ ク
148
OK C6H6C6H6
149
ドラッグして静電ポテンシャルマ ップ (等値曲面彩色図)を回転させる 静電ポテンシャルマップ ~電子の僅かな偏りを見る ~ 赤い箇所: δ − 電子の多い所 青い箇所: δ + 電子の少ない所 C6H6C6H6
150
C6H6C6H6 Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
151
C6H6C6H6 Drag に戻す
152
File – Exit で VESTA を終 了 C6H6C6H6
153
いいえ( N) C6H6C6H6
154
ファイル (F) – 全終了 (Q) 秀丸エディタを終了します C6H6C6H6
155
eduDV クリックしてください 六フッ化ウラン (UF 6 ) の電子(波動関数)を 計算して三次元可視化してみましょう! UF 6
156
00. Automatic 【データ自動入力 】 クリックしてください UF 6
157
AUTO 15. O h 対称 【 AB 6 型分子】 クリックしてください UF 6
158
oh16n ( ノンスピン 版 ・全自動実 行 ) クリックしてください UF 6
159
UF 6 六フッ化ウラン分 子 ノンスピン版 クリックしてください UF 6
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「 f01 」タグが 表に出ています f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
161
oh16n_UF6_time.txt 六フッ化ウラン分子 の分子軌道計算に 要した計算時間 計算開始時刻 計算終了時刻
162
f08e 六フッ化ウラン分子 の電子(分子軌道) の エネルギー準位表 軌道名 エネルギー (eV) 電子数 HOMO = 10t 1u LUMO = 2a 2u
163
F08E.hlgap 六フッ化ウラン分子の HOMO と LUMO の エネルギー差 eV cm -1 ( 波数 ) nm( 波長 ) HOMO = 10t 1u LUMO = 2a 2u
164
「 f01 」タグをクリッ ク して表に出して下さ い f01: 原子位置と原子番号が書いて ある DV-Xα の入力ファイル
165
VESTA クリックしてください F01 がアクティブな 状態で VESTA を 起動します
166
ウランとフッ素の結合の線 が 引かれていない … UF 6
167
Edit - Bonds … UF 6
168
2. Search A2 bonded to A1 クリッ ク 1. クリッ ク
169
F (フッ素 ) UF 6
170
1.6 Å では短すぎ るので 2.0 Å に する UF 6
171
2. OK 1. Apply
172
Properties … クリックしてください UF 6
173
Properties ダイアログボックス UF 6 Unit cell ( 単位格子 ) Line ( 線 ) Do not show ( 非表示 ) OK
174
UF 6 Edit – Edit Data – Volumetric Data…
175
UF 6 Import… Isosurfaces: 等値表面描画に用いるデータ
176
071_10t1u.sca 071_10t1u: 10t 1u (HOMO) 072_10t1u: 10t 1u (HOMO) 073_10t1u: 10t 1u (HOMO) 074_2a2u: 2a 2u (LUMO) 三重縮退 縮退:同じエネルギー準位で 完全に重なり合っていること エネルギーは重なり合って いるが、波動関数の形は違う UF 6
177
Add to current data OK UF 6
178
2. OK 1. Apply
179
拡大 (Zoom in) UF 6
180
Animation を選択 Tools タグをクリッ ク
181
UF 6 Drag に戻す
182
File – Exit で VESTA を終 了 UF 6
183
いいえ( N) UF 6
184
ファイル (F) – 全終了 (Q) 秀丸エディタを終了します UF 6
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