ベイズ推定に向けた解析環境整備 WinBUGS, R2WinBUGS, RSWBwrapper.R のセッティング.

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1 ベイズ推定に向けた解析環境整備 WinBUGS, R2WinBUGS, RSWBwrapper.R のセッティング

2 もくじ はじめに WinBUGS のインストール R2WinBUGS パッケージの導入 R2WBwrapper.R の入手 まとめ

3 はじめに ベイズ推定の計算は、 R だけではちょっと厳しい だが R と WinBUGS というソフトを連携させることで解決 できる このスライドでは、 “ ベイズ推定とは何か “ や、 ”WinBUGS の具体的な扱い方 ” には触れず、 R と WinBUGS を連携させ ていつでも解析ができる状態にするところまでを説明す る R がすでにインストールされていることを前提としてい る

4 WinBUGS のインストール http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/contents.shtml から以下をダウンロード http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/contents.shtml – Winbugs14 (.exe か.zip) – patch for 1.4.3 – immortality key Winbugs14 は普通にクリックしても平気 だが、 patch for 1.4.3 とライセンスキー ファイルは右クリックから、「名前をつ けてリンク先を保存」とする（.txt 形式 で保存）。

5 WinBUGS のインストール インストール手順 1.Winbugs14 を普通にインストールする 2.Winbugs14.exe を起動する 3.(menu) File → Open でファイルの種類を (*.txt) にして先ほど DL した patch ファイルを開く

6 WinBUGS のインストール インストール手順 4.(menu) Tools → Decode で decode all ボタンを押す ※ Windows Vista, Windows 7 の場合， Winbugs.exe を右クリックして「管理者」として起動する必要あり 5.WinBUGS.exe をいったん終了する 6. 再び WinBUGS.exe を起動し、手順の 3,4 と同様にして immortality key を decode して、 WinBUGS 関連の作業は完了

7 R2WinBUGS パッケージの導入 ここからは R 上での作業 R と WinBUGS の橋渡しをするのが、 R2WinBUGS パッケー ジ – R Console にて を実行（これで PC 内に R2WinBUGS パッケージが取り込まれる） – 実際に使うときには と記述する – これで完了 update.packages() install.packages("R2WinBUGS") Library(R2WinBUGS)

8 R2WBwrapper.R の入手 R2WinBUGS を用いても、実はまだ作業しにくい そこで、 R2WBwrapper.R という、北大の久保さんが作っ たラッパー関数を使う – http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html から、 R2WBwrapper.R を、右クリック → 「名前をつけてリンク先 を保存」で保存する（保存場所は、自分の解析用 R コードと同じ 場所） – これで完了

9 まとめ 使用方法は – http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/CarNormalExample.html http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/CarNormalExample.html – http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html などをうまく見ればわかるはず・・・ R, WinBUGS, R2WinBUGS, R2WBwrapper の関係図 （ http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html より） http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RtoWbwrapper.html