生命情報学入門 タンパク質立体構造予測演習2011年5月31日

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1 生命情報学入門 タンパク質立体構造予測演習2011年5月31日
生命情報学入門 タンパク質立体構造予測演習2011年5月31日　 阿久津　達也 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター

2 PDBjの利用 PDBj（Protein Data Bank Japan） 演習 タンパク質立体構造のデータベース（日本サイト）
演習 キーワードにタンパク質の名前などを入力して検索（例：verotoxin）。 一つのタンパク質を選び、その PDBID (例：1qnu)をクリック。このPDBIDを覚えておく。 グラフィックソフト（図をクリックした後で Jmol Viewerをクリック）で構造を目でみて、その特徴をレポートに記載。 左のDisplay FilesのPDB Fileをクリックし、その内容を確認する（これをレポートに添付する必要はない）。 以上を例にあげたものとは異なるタンパク質について行うこと。

3 SCOPの利用 SCOP（Structural Classification Of Proteins） 演習
タンパク質立体構造を分類したデータベース 演習 Top of the hierarchy をクリックし、その概要を体験する。 PDBjの利用でメモしたPDBIDを入力して検索し、そのタンパク質がどのクラスに分類されているか（Lineage:の部分）をファイルに保存する。

4 CASPページからの配列データの取得 CASP(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) タンパク質立体構造予測コンテストのホームページ 演習 2010年のTarget List をクリックし、問題がどのような形式で出されるのかを知る。 T0518, T0521 に対し、PAPIA（後で説明）を適用。 それらのPDB IDをPDBjのHPで検索し、Structural Details の項をクリックし二次構造をチェック

5 PAPIA（二次構造予測）の利用 PAPIA 演習 複数の手法の組み合わせによる二次構造予測
演習 ４（二次構造予測）を選択し、さらに Typing directlyを選択した後、配列データをコピー＆ペーストし、submit をクリック T0518, T0521 の場合の結果の違いを知る 上記以外の配列２種類を入力し、二次構造予測結果を保存し、真の二次構造データと比較

6 レポートの提出法 以下の情報をテキストに埋め込むか、添付する 以下を数行程度にまとめる 提出先
SCOPで検索して得たLineage:の部分、および、PDBID PAPIAを適用したCASPのターゲット配列ID PAPIAによる予測結果 以下を数行程度にまとめる PDBjにあるグラフィックソフトで見た立体構造の特徴 二種類の配列に対する予測結果と実際の二次構造の比較 提出先 xxx および　yyy へメールを送付 件名は「生命と情報レポート課題」とする 名前、学部学科、学年、学籍番号を明記 締め切り：6月7日午後8時まで