ImageJを使った細胞数の計測.

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1 imageJを使った細胞数の計測

2 目次 手順 画像を開く 計測範囲のトリミング グレースケール処理 ノイズ平滑化 閾値設定 癒合切断 円体計測 マクロ 利点・欠点

3 画像を開く MenuよりFile > Open..

4 計測範囲のトリミング 範囲を選択後 Image > Crop

5 MenuよりImage > Type > 8bit
グレースケール処理 MenuよりImage > Type > 8bit

6 MenuよりProcess > Noise > Despeckle
ノイズ平滑化 MenuよりProcess > Noise > Despeckle

7 閾値設定 Menuより Image>Adjust>Threshold スライダーを動かし計測対象の みが染色されるようにする
(ほぼデフォルト値だが僅かに2程度ずらし たりしている) Set Apply

8 Process > Binary > Watershed
癒合切断 Menuより Process > Binary > Watershed

9 円体計測 Menuより Analyze > Analyze Particles.. Show Outlines
チェックボックスを Summarizeのみにし実行

10 マクロ① マクロウィンドウ メニューより Plugins > New > Macro

11 マクロ② コード実行 画像を開き、トリミングを施した後、 を実行する。 run("8-bit"); run("Despeckle");
setThreshold(0, 102); run("Convert to Mask"); run("Watershed"); run("Analyze Particles...", "size=0- Infinity circularity= show=Outlines summarize"); を実行する。 なお、この時setThreshold(0, 102)の値は顕微鏡の 設定や試料種によって異なってくるため、一定の再設定 は必要となります。

12 利点・欠点 利点 欠点 一度閾値を設定すればその実験シリーズには その値を連続で適用すれば良く時間が短縮で きる
その設定には一定の慣れが必要と思われ、教 育には余計に時間がかかりかねない コンピュータの自動カウントが誤った数値を 出していても気づきにくい コンピュータの設定が正しかったとしても、 コンピュータは微妙な作為、判定ができない ため人間の目測により手作業で計測するほう がその計測値は結局の所正確である

13 他 シカゴ大学チュートリアル(英文) ejtutorials/CellCounting.pdf ダウンロード ※クロレラ画像は日健総本社掲載のクロレラ　ピレノイドｰサを利用した