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DNAの二重らせん構造
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相補鎖 CDS 1..15 CDS complement(7..27) GenBankファイルには、3’-5’側の配列は載せられていない
5’-atgctactaacgtagtcgatgtagcatgt-3’ 3’-tacgatgattgcatcagctacatcgtaca-5’ CDS 1..15 CDS complement(7..27) GenBankファイルには、3’-5’側の配列は載せられていない
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相補鎖配列を得る方法 5’-atgctactaacgtagtcgatgtagcatgt-3’ CDS complement(7..27) 1. 配列を抽出 ctaacgtagtcgatgtagcat 2. A→T、C→G、G→C、T→Aの変換を行う gattgcatcagctacatcgta 3. 逆順にする atgctacatcgactacgttag
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大腸菌ファイル /pub/sfc/dnadb/genomes/bacteria/Ecoli/ecoli.gbk
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CDSの切り出し $cds_seq[$i] = substr($seq, $cds_start_set[$i] - 1,
$i番目のCDS配列 塩基配列全体 $i番目のCDSの開始位置 $cds_seq[$i] = substr($seq, $cds_start_set[$i] - 1, $cds_end_set[$i] - $cds_start_set[$i] + 1); CDSの長さ
![CDSの切り出し $cds_seq[$i] = substr($seq, $cds_start_set[$i] - 1,](http://slidesplayer.net/slide/14765002/90/images/5/CDS%E3%81%AE%E5%88%87%E3%82%8A%E5%87%BA%E3%81%97+%24cds_seq%5B%24i%5D+%3D+substr%28%24seq%2C+%24cds_start_set%5B%24i%5D+-+1%2C.jpg "$i番目のCDS配列. 塩基配列全体. $i番目のCDSの開始位置. $cds_seq[$i] = substr($seq, $cds_start_set[$i] - 1, $cds_end_set[$i] - $cds_start_set[$i] + 1); CDSの長さ.")
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塩基配列のみのファイルの作成 呼び出し：save_sequence(“seq.tmp”, *FILE)
sub save_sequence { my($filename, $fh) my($seq_frag); local(*SEQFILE); open(SEQFILE, "> $filename"); while(<$fh>){ if($_ =~ /^\/\//){ last; } else { $seq_frag = $_; $seq_frag =~ s/[^a-z]//g; print SEQFILE $seq_frag; } close SEQFILE; 呼び出し：save_sequence(“seq.tmp”, *FILE)
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complementを処理するには… CDSがcomplementか否かを記録する変数@complementを用意
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