2019年1月22日 生命環境科学域 応用生命科学類 尾形 善之

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1 2019年1月22日 生命環境科学域 応用生命科学類 尾形 善之
生物統計学・第15回 期末レポートの説明 2019年1月22日 生命環境科学域　応用生命科学類 尾形 善之

2 期末レポートの内容 使うデータ 「biostat18finaldata.txt」 遺伝子発現データ
生物統計学の「第15回」の「期末レポート用データ」のテキストの絵を右クリックして保存する。 遺伝子発現データ でもマイクロアレイではありません。 次世代シーケンサーを使った「RNA-Seq」解析のデータです。

3 試料 シロイヌナズナの4系統 Col-0とSei-0コントロール（野生種） FcsとFsc：Col-0とSei-0との交雑種
菌感染の耐性が高いとされている（雑種強勢）。

4 実験の概要 菌の感染 時系列データ Pseudomonas syringae (Pst DC3000) 感染後：1日目、2日目、3日目
感染すると、過敏感細胞死が誘導される。 時系列データ 感染後：1日目、2日目、3日目

5 データの説明 36実験の遺伝子発現データ シロイヌナズナ 4系統、時系列3時点、3反復 提供するのは反復なしの12実験のデータです。

6 データの概要 データの概要 次世代シーケンサー（Illumina社HiSeq2000） 塩基長：76塩基
配列数：900,224,946配列（900メガ配列、9億配列）

7 研究目的 雑種の菌感染時に特異的に発現する遺伝子を探す。 主成分分析（第10～12回）を使って探す。
これらの遺伝子は菌感染に関係がある可能性がある。

8 期末レポートの概要 提出期限：2月5日（火）必着 提出先 ただし、ワードファイルで提出する場合は、ファイルの日付で確認します。
印刷物：B11棟413号室のレポート入れ

9 期末レポートの様式 提出物 書式 印刷物、またはワードファイル 図表やエクセルファイルを提出する場合は、圧縮して提出してください。
圧縮ファイルのサイズに注意してください。数メガバイト程度ならば、メールに添付できます。 書式 原則として自由ですが、採点対象です。

10 期末レポートについての質問 質問はメール、または直接教員室に来てください。 直接来る場合は、予めメールで時間を確認しておくと確実です。
教員室：B11棟4階413号室 直接来る場合は、予めメールで時間を確認しておくと確実です。

11 期末レポートの配点 25点 配点 厳しく採点します。 書式：5点 目的、材料、方法：5点 解析内容、結果：5点 考察：5点
全般での加点：5点

12 書式 表紙 タイトル、学籍番号、名前、提出日 レポートのスタイル 目的、材料、方法、結果、考察、感想

13 目的、材料、方法 目的 材料 方法 この解析を通じて何を明らかにするのか? どんなデータを使って解析するのか? 解析方法についての説明
このレポートでは、方法と解析内容と結果を合わせて書いても構いません。

14 解析内容、結果 解析内容 結果 方法に基づいて解析した内容を説明する。 結果と合わせても構いません。
方法、解析内容に基づいて得られた結果を記す。 図表を効果的に使うと高得点が期待できます。

15 考察 結果に基づいて、何が明らかにできたのかを記す。 特に、考察の初めに、この解析で最も大事なことを記す。
キーセンテンス、トピックセンテンスを記す。 題目と目的と考察が一致することが重要です!!

16 全般での加点 例えば、結果で効果的に図表を描けているか、手順書以外の方法、など。 本実習以外のアプローチも加点対象です。

17 今日のレポート 生物統計学の授業を通じて、「木を見て森を見て、また木を見る」ことについて、どのように理解しましたか。
これまでの授業の感想を書いてください。 採点対象ではありませんが、レポートの提出が出席の扱いになります。