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忙しい人のためのR/Bioconductorの基礎
Kashiwa.R #7 （バイオ実験系ラボ支援回） 横山貴央（東大・新領域・情報生命） 2013/3/19
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自己紹介 研究テーマ： 特技はRです 東大院 新領域 情報生命科学専攻 D1
ホヤのメチローム解析から探る組織特異的メチル化の起源 特技はRです Tsukuba.R, Tokyo.R, Kashiwa.Rなどで発表 『Rパッケージガイドブック』を共同執筆しました Rの楽しさを伝えるためにやって来ました
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これさえ覚えればRは使える！ コードを実行する方法を知る コードとその実行結果の保存法を知る 思い通りに行かなかった時の対処法を知る
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「Rマンとの約束だ！」 Rはなるべく最新のバージョンを入れておこう
Rの統合開発環境「RStudio」もあわせて入れておこう （なぜRstudioも入れたほうがいいかは、このあと説明します。）
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最新版はR
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Rstudio配布サイト
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Rstudioの起動画面
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Rstudioのよいところ テキストエディタのようにコードを書く画面(Source)と、 実行画面（Console）が分けられている
作った変数一覧やコマンド履歴が楽に辿れる プロットの描画、ヘルプの閲覧、ファイルの一覧が 一つの画面内で行える （参考）RGui
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">" の右にコマンドを入力する、だけの使い方をしていませんか？
コードはなるべくファイルに保存しよう ">" の右にコマンドを入力する、だけの使い方をしていませんか？ コマンド履歴で辿れる数には上限がある Source画面でコードを書き、Consoleで実行しよう "~.R"という名前で保存すると、Rstudioで自動で開けるようになる
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詳細なTips ヘルプの使い方 データ型とデータ構造を知る 繰り返し処理と条件分岐を理解する 関数の作り方、パッケージの使い方を知る
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ヘルプの使い方を知る help.start() というコマンドを実行するとヘルプ画面が起動される。 help(関数名)
help(package=パッケージ名) help(データセット名)など
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データ型とは 数値 文字列 論理型
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データ構造とは ｖector list matrix (行列) data.frame (列名のついた行列)
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matrixやdata.frameの大きさを知りたいときは→ dim() #dimension の略
データ構造を扱う関数 matrixやdata.frameの大きさを知りたいときは→ dim() #dimension の略
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（参考）行と列の覚えかた
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繰り返し処理 for while apply
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関数とパッケージ 関数定義 Source Install.package
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Bioconductorとは何か？
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Bioconductorでできること RNA-Seqのマッピング結果を可視化＆発現変動遺伝子を抽出する
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Bioconductorでできること 出芽酵母の一番長い遺伝子を調べる
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Bioconductorでできること ゲノムブラウザーをRのplotで再現する
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Bioconductorでできること 細胞の核をカウントする
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うまく行かなかった時どうするか 教えてくれそうな人のところに聞きに行く 教えてくれそうな人のTwitterに@で聞く
Google, seekR や Rjpwikiを調べてみる sessionInfo() を添えるとよいかも 解決策がわかったら、次の人に教えてあげてください
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参考資料 R+Bioconductorを使ったNGS解析 1限目「Rの基礎」 (Rで)マイクロアレイデータ解析
(Rで)マイクロアレイデータ解析 (Rで)塩基配列解析（主に次世代シーケンサーのデータ） 統計処理ソフトウェアRについてのTips
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