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1 PCを立ち上げ、ブラウザを立ち上げて を参照してください.

2 ゲノム・遺伝子・DNA 染色体=タンパク質(ヒストン)+DNA
細胞分裂時の染色体(青)と紡錘糸(緑Microtubule)

3 祖先生物から遺伝子DNAを受け継いでいる
近いものほど似ている 似ているものを近くに置くという操作で、生物種の系統樹が作れる 人の家系図のようなもの それを実際にやってみよう

4

5

6 本日体験するような研究から

7 キメラ

8 細胞性粘菌の核とミトコンドリア核(蛍光染色)

9 ミトコンドリアとミトコンドリア核の分裂

10 ヒトの細胞 核とミトコンドリア

11 すべての真核生物はキメラだ! Chimera (ギリシャ語キマイラ, Χίμαιρα, Chimaira) is an enemy in many Final Fantasy games

12 ATP合成の場:ミトコンドリア 12

13 ドアノブ構造が見える 13

14 プロトンが膜間腔に蓄積 水力発電ならぬプロトン発電 このエネルギーを使うのがF-ATPase
ミトコンドリア プロトンが膜間腔に蓄積 水力発電ならぬプロトン発電 このエネルギーを使うのがF-ATPase 解糖系 TCA回路 マトリックス 電子伝達系 ATP合成酵素 外膜   内膜 H swf H swf 14

15 ATP合成酵素 F-ATPase 15

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17 細胞質 リボソームが多数

18 Cell wall(外膜)と 細胞膜 鞭毛基部体とATP合成酵素-二つのロータリーモーター

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21 ATPase

22 ATP合成酵素・ 液胞膜ATPase の系統樹は細胞内共生を示す 全生物の共通祖先 祖先型ATP合成酵素 A2 or A6 真正細菌
a3 + b3 古細菌と真核生物の共通祖先       B3 + A3 細胞内共生 現在の真核生物 現在の古細菌 B3 + A3 現在の真正細菌   a3 + b3 ミトコンドリア 葉緑体 a3 + b3 液胞膜ATPase B3 + A3 ATP合成機能を失った

23 真核植物の誕生

24 外群 古細菌 菌類 ニンジン ハエ ラット 細菌 トウモロコシ葉緑体 ラン藻 菌類 ミトコンドリア トウモロコシ ミトコンドリア ラット ミトコンドリア 講義HP真ん中あたりの b-subunit of F-ATPase というリンクから  あるいは上の方の 参考課題 ATP合成酵素の系統樹 から 古細菌ATP合成酵素 真核生物液胞膜ATPase 真正細菌ATP合成酵素

25 Gogarten, J.P. and Taiz, L. (1992) Photosynth. Res. 33: 137-146.
ATP合成酵素から液胞膜V-ATPaseが進化した       (ATPを利用して液胞内部を酸性にする) 真核生物 V-ATPase 古細菌 ミトコンドリア・葉緑体の ATP合成酵素 真正細菌

26 遺伝子とDNA 遺伝子:細胞から細胞へ、親から子へ受け継がれ、肌の色や性格など特定の性質(分子レベルで見ると主に蛋白質の一次構造=アミノ酸の並び方)を規定するもの(抽象的な概念) DNAはその物質的実体、直線あるいは環状分子で、遺伝子を構成する領域が並んでいる(上のイメージ) 染色体とは、そのDNAを含む目に(顕微鏡で)見える構造

27 ヒトの23対の染色体

28 X染色体と Y染色体

29 染色体

30 染色体=DNA+タンパク質(ヒストンなど)
DNAの高次構造-ヌクレオソーム、クロマチン線維・染色体-を作る・壊すには大量のATPが必要!2-3 ATP/塩基対

31 DNAの折りたたみ Nucleosomes-H1 linker histone
Figure Model for the packing of chromatin and the chromosome scaffold in metaphase chromosomes. In interphase chromosomes, long stretches of 30-nm chromatin loop out from extended scaffolds. In metaphase chromosomes, the scaffold is folded into a helix and further packed into a highly compacted structure, whose precise geometry has not been determined. Fig. 2. Models for the 30-nm fiber. The figure shows a schematic representation of two models that have been proposed to explain the 30-nm fiber, as discussed in the text. The electron micrographs of the 11-nm fiber and solenoid were adapted and modified from Molecular Biology of the Cell (B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter, Garland Science Publishing, London, ed. 4, 2002). The zig-zag electron micrograph was adapted and modified from J. Cell Biol. 83, 403 (1979). Two concentrations of TEA-Cl (trieathanolamine-HCl) are shown, 1 and 5 mM, to emphasize the importance of the salt concentration in the compaction of the nucleosomal arrays. Changing faces of chromatin.htm

32 Intron(灰色:余計な切り取られるところ)とExon(オレンジ:タンパク質に翻訳されるところ)
ヒトの染色体DNAの構成

33 遺伝情報発現の Central Dogma DNA 複製 Replication 転写 Transcription RNA
翻訳 Translation 蛋白質

34

35 DNAとRNA

36 4(5)つの塩基 RNA

37 AとT(U) GとCが水素結合する 塩基対形成Base pairing

38

39 二重らせん double helix 水素結合の重要性
核酸  染色体のDNAは、2本の高分子が対になっていて、2重らせん構造をしている。対を作っているのは、アデニン(A)、チミン(T)、グアニン(G)、シトシン(C)の核酸塩基とよばれるものである。核酸塩基の水素結合は決まった組み合わせで作られる。アデニンはチミンと、グアニンはシトシンと図のような水素結合している。

40 同じく水素結合で保持されているが、DNAは塩基を内側に(塩基間の水素結合)、蛋白質のα-Helix は,主鎖間の水素結合で成り立ち,アミノ酸側鎖を外側に出している

41 DNAの複製 Replication 半保存的複製

42

43 DNA複製と細胞分裂 大腸菌のDNAは環状

44 複製開始が頻繁だとこんな感じ 半保存的複製と分かる

45 複製・転写の材料兼エネルギー源 デオキシリボヌクレオチド dATP, dGTP, dTTP, dCTP リボヌクレオチド
ATP, GTP, UTP, CTP DNAの高次構造-ヌクレオソーム、クロマチン線維・染色体-を作る・壊すには大量のATPが必要!2-3 ATP/塩基対 1塩基対あたり4ATP相当

46 遺伝情報発現の Central Dogma DNA 複製 Replication 転写 Transcription RNA
翻訳 Translation 蛋白質

47 転写 Transcription =mRNA合成

48 転写

49 細胞内での状態 proximal, middle and distal portions of the gene

50 mRNP粒子の構造

51 核 核膜はERと連続している 外側はrough ER相当
Nuclear Lamina: 中間径繊維Laminからなる裏打ち構造

52 核膜孔 3000~4000 50種のタンパクから成る125 Mdaの複合体

53 核膜孔の通過 細胞質では、すぐにRibosomeがついて翻訳開始

54 NPC movie

55 翻訳 Translation =タンパク合成 リボソーム上で mRNAの塩基配列がタンパク質のアミノ酸配列に変換される

56 Ribosome 大サブユニット グレーとオレンジどちらがRNA, どちらがタンパク??

57 リボソーム 先の図オレンジがタンパク P-site-bound peptidyl tRNA, 緑;
SSU (40S) proteins, 青緑; small subunit (18S) rRNA, 黄色yellow LSU (60S) proteins, オレンジ; large subunit (25S/5.8S/5S) rRNAs, 青.

58 小胞体(ER)膜についているPoly(ribo)some

59 転写と翻訳 (バクテリアでは転写と翻訳は同時に起こる)

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64 1. An aminoacyl-tRNA molecule binds to a vacant A-site on the ribosome 2. A new peptide bond is formed at the P-site (LSUずれる) 3. The mRNA moves a distance of three nucleotides through the small-subunit chain (SSUが移動) Figure Translating an mRNA molecule. Each amino acid added to the growing end of a polypeptide chain is selected by complementary base-pairing between the anticodon on its attached tRNA molecule and the next codon on the mRNA chain. Because only one of the many types of tRNA molecules in a cell can base-pair with each codon, the codon determines the specific amino acid to be added to the growing polypeptide chain. The three-step cycle shown is repeated over and over during the synthesis of a protein. An aminoacyl-tRNA molecule binds to a vacant A-site on the ribosome in step 1, a new peptide bond is formed in step 2, and the mRNA moves a distance of three nucleotides through the small-subunit chain in step 3, ejecting the spent tRNA molecule and “resetting” the ribosome so that the next aminoacyl-tRNA molecule can bind. Although the figure shows a large movement of the small ribosome subunit relative to the large subunit, the conformational changes that actually take place in the ribosome during translation are more subtle. It is likely that they involve a series of small rearrangements within each subunit as well as several small shifts between the two subunits. As indicated, the mRNA is translated in the 5′-to-3′ direction, and the N-terminal end of a protein is made first, with each cycle adding one amino acid to the C-terminus of the polypeptide chain. The position at which the growing peptide chain is attached to a tRNA does not change during the elongation cycle: it is always linked to the tRNA present in the P site of the large subunit.

65 リボソームの働きのアニメーション (Access denied!)

66 翻訳の素過程

67 アミノ酸の活性化 → アミノ酸 + ATP + t-RNA アミノアシルt-RNA + AMP + ピロリン酸
   →  アミノアシルt-RNA + AMP + ピロリン酸 AMPをATPに戻すのにATP2つ分のエネルギーの投入が必要 AMP+ATP→2ADP

68 ATPは沢山必要 アミノ酸の活性化=アミノアシルt-RNAの合成に2ATP リボソーム上での
タンパク質合成開始に1GTP(ribosome大小サブユニットの結合) ペプチド鎖延長に 2GTP/AA(アミノアシルt-RNAの結合とmRNAの横移動) 終止に1GTP(mRNAとribosomeの解離) 合計 ~4 ATP相当/AA

69 系統樹を作るための予備知識 遺伝子の系譜≒種の系譜 なのだが 遺伝子の系譜を正確に求めるのは困難(化石生物の情報がない)
遺伝子の系譜≒種の系譜 なのだが 遺伝子の系譜を正確に求めるのは困難(化石生物の情報がない) どんな遺伝子を比較するか  相同遺伝子を比較する 相同遺伝子には種類がある 小数の遺伝子をいい加減に比較したのでは、正確な系統樹は得られない computerを利用して大量の正確な情報を用いる 厳密にはオルソログを比較したい

70 1つの種の中で塩基配列がよく似ていること、種形成以前に進化的に近い関係であった。
パラログ、オルソログ、ホモログ パラロジー(paralogy): 1つの種の中で塩基配列がよく似ていること、種形成以前に進化的に近い関係であった。 パラログ(paralog):遺伝子重複で生まれた類似遺伝子で、同一ではないが、類似の機能を持っているタンパクの遺伝子。 オーソロジー(orthology): 異なる種の間で塩基配列がよく似ていること。 オルソログ(ortholog):共通の先祖遺伝子から垂直に伝えられ(通常の遺伝)、異なる種で同じ機能を示すタンパクの遺伝子。 ホモロジー(homology): 相同性、種の内部、種間でも共通の進化的起源を示唆する類似性。(収斂進化ということもある) ホモログ(homolog):相同性を示す配列をもったもの。 ホモログ=パラログ+オルソログ+収斂進化遺伝子(たまたま似てしまった:殆どない)

71 種の系譜(系統樹)と遺伝子の系譜

72 全生物の系統樹を作るのに適当な遺伝子 全生物が持っている生命に必須なもの rRNA(リボソームRNA) 16S and 18S rRNA
リボソームタンパク質 例 Ribosomal protein L1 ATP合成酵素(F-ATPase)と真核生物のV-ATPase

73 rRNAs

74 rRNA tree

75 あるいは他の遺伝子 ミトコンドリアの酸化的リン酸化系 呼吸鎖電子伝達系+ATP合成酵素

76 全く別の酵素がATPを作る 回転モーター 新しい高校生物の教科書(講談社ブルーバックス)

77 膜面内を電子が移動すると水素イオンが膜を通過する!!!
The World of the Cell

78 プロトンが膜間腔に蓄積 水力発電ならぬプロトン発電 このエネルギーを使うのが F-ATPase
The World of the Cell The World of the Cell

79 F-ATPase Movies

80 Fo部分

81 Gogarten, J.P. and Taiz, L. (1992) Photosynth. Res. 33: 137-146.
ATP合成酵素から液胞膜V-ATPaseが進化した       (ATPを利用して液胞内部を酸性にする) 真核生物 V-ATPase 古細菌 真正細菌

82 外群 古細菌 菌類 ニンジン ハエ ラット 細菌 トウモロコシ葉緑体 ラン藻 菌類 ミトコンドリア トウモロコシ ミトコンドリア ラット ミトコンドリア 古細菌ATP合成酵素 真核生物液胞膜ATPase 真正細菌ATP合成酵素

83 Gogarten, J.P. and Taiz, L. (1992) Photosynth. Res. 33: 137-146.
ATP合成酵素から液胞膜V-ATPaseが進化した       (ATPを利用して液胞内部を酸性にする) 真核生物 V-ATPase 古細菌 真正細菌

84 あるいはミトコンドリアゲノムの遺伝子 多数の種についてのデータがあり
遺伝子が重複していない(似て非なるもの=Paralog同士を間違えない)ので 系統樹を作りやすい

85 Molecular Cell Biology. 4th edition.
Figure 16-19The pathway of electron transport (blue arrows) and proton transport (red arrows) in the inner mitochondrial membrane Bound to each of the electron transport complexes are several prosthetic groups, which carry electrons through the complex. (Top) A pair of electrons from one NADH first move through the NADH-CoQ reductase complex to one coenzyme Q (CoQ) molecule, which binds reversibly to the complex. The reduced CoH2diffuses in the membrane and donates electrons to the CoQH2 – Cyt c reductase complex. The peripheral protein cytochrome c diffuses in the intermembrane space, transporting electrons (one at a time) from the CoQH2 – Cyt c reductase complex to the cytochrome c oxidase complex and ultimately to O2. Protons are pumped from the matrix into the intermembrane space at the indicated sites. The protons released into the matrix space by the oxidation of NADH are consumed in the formation of water from O2, resulting in no net proton translocation from these reactions. Thus a total of 10 protons are translocated per pair of electrons moved from NADH to O2. (Bottom) The succinate-CoQ reductase complex oxidizes succinate to fumarate, reducing one CoQ to CoQH2. No protons are translocated by the succinate-CoQ reductase complex. The remainder of electron transport from succinate proceeds by the same path as in the top diagram. Thus for every pair of electrons transported from succinate to O2, six protons are translocated from the matrix into the intermembrane space. Molecular Cell Biology. 4th edition.

86 Cytochrome c oxidase Complex IV
Molecular Cell Biology. 4th edition. Figure 16-23Molecular structure of the core of the cytochrome c oxidase complex in the inner mitochondrial membrane Mitochondrial cytochrome c oxidases contain 13 different subunits, but the catalytic core of the enzyme consists of only 3 subunits: I (yellow) II (blue), and III (pink). The function of the remaining subunits is not known. Bacterial cytochrome c oxidases contain only the three catalytic subunits. Hemes a and a3 are shown as blue and red space-filling models, respectively, and the copper atoms are green. [Adapted from T. Tsukihara et al., 1996, Science 272:1136; rendered by Dr. Lawren Wu.] Subunits I or II が使いやすい ミトコンドリアゲノム!

87 テーマを決める データを探す 検索+BLAST 得られたデータをFASTA形式のテキストファイルに ClaustalW(X)でアラインメント →系統樹として表現する

88 現在でも遺伝子の移動は起こっている ミトコンドリア プラスチド 核 核には,ミトコンドリアゲノム丸ごとあるいは多数の断片
ミトコンドリア       プラスチド 核には,ミトコンドリアゲノム丸ごとあるいは多数の断片 常にプラスチドゲノムから核への移動が起こっている なぜか,プラスチドゲノムには移動しにくい??

89 最古の細胞=細菌  38億年前?

90 ラン藻が酸素を作った

91 ストロマライト-ラン藻を中心とした群体

92 生きている化石 Stromatolites

93 「徹底図解 地球のしくみ」新星出版社

94 大量の酸素発生の証拠 Banded Iron Formation=縞状鉄鉱床
光合成生物が、地球上にふんだんにある水から酸素を発生させたので、まず最初に海水中の鉄イオンが酸化され沈殿した。

95 「地球のはじまりからダイジェスト 地球のしくみと生命進化の46億年」西本昌司 合同出版

96 全地球凍結 太古代→原生代 シアノバクテリアの光合成が原因?(メタン分解) 大陸が増加・ 浅海が増加→
29億年前:Pongola氷期 25億年前:ヒューロニアン氷期 22億年前:Makganyene氷期 シアノバクテリアの光合成が原因?(メタン分解) 大陸が増加・ 浅海が増加→ さらなるシアノバクテリアの繁殖につながる

97 最古の光合成生物のひとつ ラン藻 Spirulina Prochloron Fischerella

98 Nostoc verrucusum 少し大きい細胞は窒素固定専用 N2 fixer

99 Also on the land イシクラゲ Nostoc species

100 イシクラゲ:シアノバクテリアの群体と分泌したゼリー状の物質からなる。低い草がまばらに生えた空き地で見掛ける。乾燥しているときは黒いかさぶたのようだが、雨で地面が湿ると褐色でぷよぷよとした状態になる。

101 「地球のはじまりからダイジェスト 地球のしくみと生命進化の46億年」西本昌司 合同出版

102 酸素濃度が上がって 酸素を利用する大きな細胞が可能に

103

104 資料 5. 「徹底図解 地球のしくみ」新星出版社

105 Opisthokonta: Animals and Fungi
Single rear flagella (Like our sperms) Choanoflagellate

106 Plants: Twin (or more) front flagella

107

108 Greens Chlamydo-monas and Volvox

109 クンショウモとサヤミドロ 生卵器

110 紅藻の系統 Reds アマノリ属:アサクサノリなど

111 いずれも紅藻 (チノリモ科) Porphyridium Asterocytis

112 フィラメント状もある 先に出てきたBangia

113 Bangiomorpha pubescens red algae? 1200 Ma
紅藻の一種?ウシケノリと近縁 性の進化=2種胞子 最古の多細胞生物 The oldest complex multicellular fossil - Some cells constitute bases

114

115 黄色植物 Yellows ハプト藻

116 褐藻 コンブ ワカメ Browns

117 ケイソウ(珪藻)Diatom 分裂を続けるとどんどん小さくなるので、有性生殖をして元に戻す
珪藻の世界

118 ミドリムシ(Euglena)の仲間 葉緑体を失ったEuglenaのミトコンドリアと核 科博

119 (B) Diatoms. (C) Coccolithophore. (D) Prasinophyte phycomas of Pterosperma moebii. (E) Coccospheres of Gephyrocapsa oceanica. (F) (G) Dinoflagellate Mostly red tide algae

120 2次共生の証拠-2つめの核

121 枝分れの時期を推定することで進化の年代も推測できる ただしどこかの点で化石等と照らし合わせ校正する

122 DNAを調べると 遺伝病 病気になりやすさ 運動能力 知的能力? 目の色・肌の色 アルコールに弱いかどうか etc.

123 化石人骨(歯)のDNAを調べる

124 PCR産物あるいはゲノム断片をavidin-biotinでビーズに付着させる
熱変性させてsingle-stranded DNAにする シークエンシング反応用のプライマー(ランダムプライマー)を付加して、pyrosequencing

125 ピロシークエンシング反応 +Polymerase+dNTP (dATPaS in place of dATP)
+ATP sulfurylase+adenosine 5´ phosphosulfate +Luciferase+Luciferin +Apyrase (which removes unreacted nucleotide)

126 Illumina社HiSeqの原理

127

128 4. Green et al. Nature 444: 330, 2006 ヨーロッパの各地のネアンデルタール人骨を調べ、最もコンタミの少ないものを選び出した。 ミトコンドリアDNAのhypervariable regionをPCR増幅して、>94, 99%の産物が現代人と異なり、これまで得られている化石骨のデータと似ている。 Vi-80 from Vindija Cave, Croatia

129 254,933 sequnces 79% データベースで似たものなし 6.8% 土壌細菌Actinomycetales放線菌
6.2% 霊長類 (15,701) その中でmitochodrial DNA 41 現代人のデータと比較して系統樹を作ると (枝の長さが塩基置換の数に相当.赤はpyrosequencing, 黒はPCRで確認されたもの) 46-82万年前!

130

131 5. Noonan et al.: Science 314: 1113-1118, 2006 Sequencing and Analysis of Neanderthal Genomic DNA

132

133 その後の発表 Ancient DNA Reveals Neandertals With Red Hair, Fair Complexions
Elizabeth Culotta Science 318: , 2007

134 A Melanocortin 1 Receptor Allele Suggests Varying Pigmentation Among Neanderthals
Carles Lalueza-Fox, Holger Römpler, David Caramelli, Claudia Stäubert, Giulio Catalano, David Hughes, Nadin Rohland, Elena Pilli, Laura Longo, Silvana Condemi, Marco de la Rasilla, Javier Fortea, Antonio Rosas, Mark Stoneking, Torsten Schöneberg, Jaume Bertranpetit, and Michael Hofreiter (30 November 2007) Science 318 (5855), 1453. ネアンデルタール人のDNAから、現代人にはないMC1Rの変異が見つかった。

135 紫外線にあたると  皮膚のケラチノサイトで:DNA損傷 修復機構活性化 同時にp53(がん抑制遺伝子)活性化 POMC(a-MSHその他をコードする: 上図)遺伝子発現 a-MSH分泌 メラノサイトで:リセプターMC1R活性化 G-protein活性化 Adenylate cyclase 活性化 ATP→cAMP Tyrosinase活性化,さらにユーメラニン合成系(他の2つの赤色酵素名のステップ)も活性化 ユーメラニン合成上昇 メラノソーム増加 ケラチノサイトへのメラノソーム輸送→色の濃い皮膚

136 Lalueza-Fox et al. Science 318: 1453,2007
図1.左:MC1Rの構造と、ネアンデルタール人のDNAで見つかった変異(赤印)。MC1Rはロドプシンと同様な膜7回貫通型リセプタータンパク質で、細胞質の3量体型G-タンパク質に信号を伝える。見つかった遺伝子を、ヒト培養細胞に導入して発現させると(右)、正常型(黒)に比べて、cAMPの増加が半分以下(赤)である。 つまりこの遺伝子を持っている人は、ユーメラニンを十分作れない可能性が高い。同様の変異は現代人では見つからなかった。

137 FOXP2遺伝子 転写調節因子[DNAに結合して、遺伝子の転写を調節(正または負に)する]の一つ。Forkhead domain proteinの仲間。 2001年、英国のある家族で、この遺伝子の変異が発見された(Nature 413, )。この変異をヘテロに持つ患者は発語・言葉の理解が困難。発声器官の統御に欠陥? ネアンデルタール人の骨DNAからFOXP2遺伝子を増幅したら、現代人と同じだった。(チンパンジーやゴリラとは異なる)

138 先の変異体と同じFOXP2変異を(ヘテロに)持つマウスは、運動を覚えるのが苦手 ホモでは生まれて数週で死亡(特に、小脳[運動の制御に重要]が小さい)
持続できる回転数 次ページ 青:WT 赤:ヘテロ変異体 WTでは、ニューロンで余計な活動電位が生じないよう長期に抑制される 18: R335, 2008 dorsal striatum (背側線条体:運動記憶=強化学習に重要な大脳深部の場所)で長期記憶 (long-term depression)ができない!

139 Rotarod: 運動能力測定器

140 その後の進展 Green, R.E., et al. A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing. Cell 134, (2008). Svante Pääbo with a Neandertal skull Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leibzig

141 ネアンデルタール人ゲノム解析 プロジェクト ドラフト配列の解読に成功
     National Geographic News 2009/2/13 21:08 - 独マックスプランク進化人類学研究所は12日、同研究所主導で進めてきたネアンデルタール人ゲノム解析プロジェクトのドラフト配列の解読を終了したことをシカゴで開催されたアメリカ科学振興協会(AAAS)の年次総会の席上で発表した。   ドラフト配列は32億の塩基対から構成されるネアンデルタール人のゲノム情報の63%まで解析が進行したもので、残りの解読に付いても年内に終了の見通し。   研究を主導しているサバンテ・パーボ(Svante Paabo)博士によるとネアンデルタール人ゲノムの塩基配列は99.5%まではヒトと同一であるとしており、ヒトゲノムと比較研究を行うことで、進化の道筋でなぜ、ヒトが生き残り、ネアンデルタール人が絶滅に至ったのかを知る上で重要な資料になると述べている。

142 さらに最近では Neanderthal人以外の化石人類も


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