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2018年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第9回 公共データバンクの代謝パスウェイ情報
2018年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第9回 公共データバンクの代謝パスウェイ情報 2018年6月8日 機能ゲノム科学 尾形 善之
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代謝パスウェイ（経路） 生化学において細胞の中に起きる連鎖的な化学反応のこと。
化学物質が酵素の触媒作用などの化学反応によって、さまざまな代謝物質へと変化する。
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どの植物がどの経路の酵素を持っているかがわかる
KEGG PATHWAY 特定の生物が保有している酵素 代謝物質 酵素 どの植物がどの経路の酵素を持っているかがわかる
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KEGGデータバンク 代謝パスウェイ：KEGG PATHWAY オルソログ情報：KEGG ORTHOLOGY
パスウェイ上にタンパク質、代謝物を配置 発現解析も可能(KaPPA-View 4 KEGG) オルソログ情報：KEGG ORTHOLOGY オルソログ検索 低分子情報：KEGG COMPOUND リガンド情報(KEGG LIGAND DB) 纏めたダウンロードは有償（個別は無償）
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PMN: Plant Metabolic Network
種ごとにパスウェイが分かれている シロイヌナズナ：AraCyc イネ：OryzaCyc など
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代謝パスウェイDB 注目遺伝子が決まっている場合 注目する代謝経路が決まっている場合 遺伝子名で検索し、代謝経路内のどこで働くかを調べる
代謝経路を選び、経路内の酵素遺伝子を調べる
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代謝パスウェイを調べるポイント・1 その反応に関わる酵素遺伝子はひとつか、または複数あるか?
複数ある場合は、そのうちのひとつでも発現していれば、代謝経路は流れる ひとつしかない場合は、その遺伝子が発現しなければ、下流の反応は進まない
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代謝パスウェイを調べるポイント・2 特定の植物で、代謝経路の初めから最後まで酵素遺伝子が繋がっているか?
繋がっていなければ、その反応は最後まで進まない、または未知の酵素遺伝子があるかも
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特定の植物の代謝経路 この経路は繋がっていない この経路は繋がっている
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