生物統計学・第 14 回 Perl を使いこなす インストール、プログラミング 2014 年 1 月 20 日 生命環境科学域 応用生命科学 類 尾形 善之.

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C#プログラミング実習 第1回.
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生物統計学・第 14 回 Perl を使いこなす インストール、プログラミング 2014 年 1 月 20 日 生命環境科学域 応用生命科学 類 尾形 善之

本日の予定 ★ノートパソコン組 ♦ 実習 ★スクリーン組 ♦ 実演

本日の内容 ★今日は課題はありません! ★座学 ♦ チェックポイントがあります ★ノートパソコン組 ♦Perl の作業について TA に尋ねてください ★スクリーン組 ♦Perl の作業を実演します

その前に …… 前回の復習 ★主成分分析の解釈 ♦ データの特徴を理解する 遺伝子と実験条件を把握する ♦ 寄与率を調べる 何番目の主成分まで考察に使えるか ♦ 負荷量を調べる 実験条件と主成分との関係を把握する ♦ 得点を調べる 遺伝子と主成分の関係を把握する ♦biplot 負荷量(実験条件)と得点(遺伝子)を合わせる

主成分分析:データの特徴 ★各組織での遺伝子発現データ ♦ 目的 どの組織でどの遺伝子が発現しているかを知る ♦ データサイズ 実験条件と遺伝子の数 ♦ 実験条件の特徴 どんな組織のデータか

主成分分析:寄与率 ★何番目の主成分まで考察に使えるか ♦ 累積で何パーセントまで有効か

主成分分析:負荷量 ★主成分と負荷量の関係 ♦ どの主成分とどの実験条件が関係しているか

主成分分析:得点 ★主成分と得点の関係 ♦ どの主成分とどの遺伝子が関係しているか

主成分分析: biplot ★負荷量と得点を合わせて見る ♦ 同じ方向の矢印と点の組み合わせに注目

主成分分析 ★解釈があまり理解できなかった人は、 必ずこのスライドをダウンロードし て復習しておいてください!

まずは座学 ★ Perl とは ♦ プログラミング言語 高速(低級)言語:速いが理解しにくい、 C 、 Java 汎用(高級)言語:理解しやすいが遅い、 Perl 、 PHP 他に特殊用途の言語: R (統計解析用)

Perl と統計解析 ★役割分担 ♦ データ解析: R やエクセル 実際の統計解析 ♦ データ処理: Perl 統計解析用データの作成や解析結果の加工

インストール ★ Macintosh (MacOSX) ♦ インストールは不要です ★ Windows ♦ActivePerl ♦Perl を始めよう ♦ サクラエディタ

作業の基本 ★テキストエディタに作文(命令文) していく ★作文したものを Perl で実行する

チェックポイント ★ Perl 言語と C 言語の主な違いは? ★ Perl の作業の基本は?

ノートパソコン組の作業 ★ Perl のインストール ★ Perl の動作確認 ★ Hello world の表示 ★実用的なスクリプトに挑戦

スクリーン組 ★これから Perl の実演に入ります

今日の実演内容 ★ Perl のインストール ★ Perl の動作確認 ★ Hello world の表示 ★実用的なスクリプトの紹介

次回の予告 ★次回は最終回です。 ♦ 期末試験の概要 2 月 3 日(月) 1 コマ目、大講義室 ♦ 統計解析の総括、リクエスト ♦ 私の研究の紹介(時間があれば) ♦ 次回のレポートは返却しません! いつもノート代わりにしている人は注意して下さい

課題の解答について ★今週中にアップロードしておきます。 ★疑問点があれば、来週の最終講義の レポートに書いてください。 ♦ 尾形ラボかポータルで答えます

アンケート 1. これまでの統計解析や他の統計解析 で、もう一度話してほしいものを挙 げてください。