2017年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第11回 系統樹

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1 2017年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第11回 系統樹
2017年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第11回　系統樹 2017年6月23日 機能ゲノム科学　　尾形　善之

2 前回のフォロー・1 PLAGO, Gcorn, Xcornの動作確認について たくさんのバグレポート、コメントをありがとうございました。
動作の不具合、データのエラーなど、かなり対処できたと思います。 日本語版など、今後さらに検討していきます。

3 前回のフォロー・2 配列の遺伝子モジュールに当たらない。 各種の発現グラフ プログラムミスがありました。修正しています。
並び順など、大幅に改訂しています。

4 配列相同性解析 第11回 第12回 第13回 オルソログ遺伝子のアライメントと分子系統樹 近縁種オルソログ遺伝子との配列相同性解析
配列相同性に基づいたRNA-Seq解析

5 配列アライメント 目的 作業 複数の配列の類似する部分を揃える ClustalXを利用する（ClustalWに基づく）
類似する部分は保存ドメインと考えられる 作業 ClustalXを利用する（ClustalWに基づく） マルチFASTAファイルから作業できる

6 注目遺伝子のオルソログを集める 一般的な方法 手順 欠点 NCBIのBLASTで検索する ひとつひとつの配列データをコピーする
ひとつひとつ辿ってコピーする手間がかかる どこまで集めていいのか分からない

7 注目遺伝子のオルソログを集める Gcornを使う方法 手順 注目遺伝子の遺伝子モジュールの配列を得る

8 分子系統樹作成の手順 3通りの方法を紹介します MEGA(ClustalW) ClustalX～TreeView
MAFFT～ClustalX～TreeView

9 分子系統樹作成ツール・1 MEGA V7が登場!! 描画が得意 アライメントはClustalWを使っている
Molecular Evolutionary Genetics Analysis V7が登場!! 描画が得意 アライメントはClustalWを使っている

10 MEGAの入手と注意点 入手サイト 注意点 http://www.megasoftware.net/
配列ファイルの拡張子は「.fas」「.fasta」などにしないといけない。 配列ファイルから、いきなり系統樹は描けない。 まずはアライメントをしてから。

11 系統分類のためのツール・2 ClustalX 伝統的なツール アライメントが得意 入手先 注意点
注意点 ファイルのパス名に日本語が入っていると、読めない 描画は別ツールで（例えば、TreeView）

12 系統分類のためのツール・3 MAFFT オンラインでもダウンロード版でも実行できます。 ダウンロード版はコマンド入力です。
やや使いづらい。 系統樹を描くには…… MAFFT～ClustalX～TreeView　と進みます。 次の世代のシーケンサーで活躍しそうです。

13 ツールの比較 MEGA ClustalW MAFFT

14 系統樹のイメージ

15 本日の実習と課題 注目遺伝子のオルソログ遺伝子群に対して、配列アライメントを行い、系統樹を描きなさい。
用いた3種類のツール間での系統樹の違いについて考察しなさい。