まずはじめに、二次元電気泳動によって得られたタンパク質に酵素処理を行い、ペプチドを解離する。 １ 質量分析によるタンパク質の同定 まずはじめに、二次元電気泳動によって得られたタンパク質に酵素処理を行い、ペプチドを解離する。 ・トリプシンで処理した場合、リジンあるいはアルギニンのＣ末端で切断される。 切断 Ｎ末端 Ｃ末端 リジンorアルギニン
酵素処理を行った物質に対し、ＭＳ解析を行うと目的とする物質の質量（モノアイソトピック質量）が得られる。 ２ 酵素処理を行った物質に対し、ＭＳ解析を行うと目的とする物質の質量（モノアイソトピック質量）が得られる。 モノアイソトピック質量 →安定同位体中に最も存在比の高い質量から得られた 値。天然同位体存在比を踏まえて算出される原子量と は区別される。 ｅｘ）炭素Ｃのモノアイソトピック質量は１２．００ 一方、原子量は質量１２．００の炭素存在比９８．９ ３％と質量１３．００の炭素比１．０７％を踏まえた１ ２．０１となる。
質量分析計 ３ イオン源 物質を気体状のイオンにする 質量と電荷の違いにより分離する（質量の小さいor電荷数の大きいイオンほど運動性は大きい） 分析計 イオンと電気信号として検出 検出計 スペクトルに変換 コンピュータ
１回目のＭＳ解析で得られたイオンをプリカーサーイオンという。 ４ 目的とするプリカーサーイオン 質量 １回目のＭＳ解析で得られたイオンをプリカーサーイオンという。 Ｍ／Ｚ Ｍ：分子量 Ｚ：価数 さらに２回目のＭＳ/ＭＳ解析へ
目的とするプリカーサーイオンをＡｒなどのガスと衝突させ、そのとき発生したエネルギーによりイオンを壊す。（衝突誘起解離） ５ 目的とするプリカーサーイオンをＡｒなどのガスと衝突させ、そのとき発生したエネルギーによりイオンを壊す。（衝突誘起解離） ガス プリカーサーイオン プロダクトイオン 衝突 ＊この他にも赤外線や電子線を照射することによりイオンを壊す方 法もあるが、ほとんどのＭＳ/ＭＳ装置ではガスと衝突させることで イオンを壊している。
衝突誘起解離によって得られたプロダクトイオンに２回目のＭＳ解析（ＭＳ/ＭＳ解析）を行うことでそれぞれの質量が得られる。 ６ 衝突誘起解離によって得られたプロダクトイオンに２回目のＭＳ解析（ＭＳ/ＭＳ解析）を行うことでそれぞれの質量が得られる。 質量 Ｍ／Ｚ Ｍ／Ｚ
７ ＭＳ/ＭＳ解析により得られたプロダクトイオンは必ず元のプリカーサーイオンに由来するため、プリカーサーイオンのアミノ酸配列（構造）を導き出すことができる。 したがって‥‥ ＭＳ解析での質量情報 ＋ ＭＳ/ＭＳ解析での構造情報 タンパク質の同定が可能 このように、質量分析によりタンパク質の同定を行うことで、疾患の特定さらにはその疾患に対する薬剤効果及び有用性が期待される。