生命情報学入門 タンパク質の分類法演習 2011年6月14日 生命情報学入門 タンパク質の分類法演習 2011年6月14日 阿久津 達也 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
SVMによる細胞内局在性予測 各器官ごとにSVMを学習 器官X 器官Xに輸送されるタンパク質配列を正例 それ以外のタンパク質を負例
膜タンパク質の膜貫通領域予測 膜貫通領域: αへリックス 7～１７残基程度の疎水性指標の平均値をプロット 平均値が高い部分が膜貫通領域と推定
Target-Pのページからデータを取得 細胞内局在性予測演習 Target-Pのページからデータを取得 http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/datasets/datasets.php Plant の各5種類から、それぞれ１個づつ配列を選ぶ 最初の配列以外を選ぶ 配列はfasta をクリックし、その中から１個を選んではコピーする 配列1個は不等号（＞）から次の不等号（＞）の前まで SLPFA http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tamura/slpfa.html コピーした配列を枠内に貼り付けて、submit をクリック 結果が、Target-Pの情報と一致するかを調べる 配列データ、SLPFAの予測結果、一致したか？を記載
SOSUIおよびPhobius による膜貫通領域予測 SCOPのページからデータを取得 http://scop.berkeley.edu/ top of the hierarchy から順にたどり膜タンパクと、それ以外のタンパクのデータを１個ずつ取得 配列データは PDB entry XXXX のところで、local cashed copy をクリックして配列を１個取得 配列1個は不等号（＞）から次の不等号（＞）の前まで SOSUIおよびPhobius による膜貫通領域予測 http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosui_submit.html http://phobius.sbc.su.se/ コピーした配列を枠内に貼り付けて、クリック 結果の画面をセーブしてメールに添付 ２種類のソフトの結果を比較した結果を数行にまとめる
レポートの提出法 局在性予測：以下の情報をテキストとしてメール本体、もしくは、WORDファイルに記載 膜貫通領域予測 ５種類の配列データ それぞれに対するSLPFAの予測結果 Target-Pの分類と一致したか？ 膜貫通領域予測 ２種類の配列データとそのFoldクラス：テキスト それぞれのデータに対するSOSUIおよびPhobiusの予測結果の画面：添付ファイル SOSUIおよびPhobiusの予測結果の比較 感想、要望、改善すべき点 あれば記載、特になければ記載不要 提出先 xxx および yyy へメールを送付 件名は「生命と情報レポート課題」とする 名前、学部学科、学年、学籍番号を明記。締め切り：６月２１日午後8時。