サイエンス・テクノロジー・システムズ株式会社 癸生川絵里 Ensembl？ サイエンス・テクノロジー・システムズ株式会社 癸生川絵里
（得られるゲノム情報は専用インターフェース等を含めフリーで提供している。） What’s Ensembl？ EMBL-EBIとSangerCenterのジョイントプロジェクト 公共データバンクからDNAデータを収集 アセンブル アノテーション付加 “Free Unrestricted Genome Access For All” （得られるゲノム情報は専用インターフェース等を含めフリーで提供している。） オープンソースソフトウェアとして特に以下が利用可能。 Web-Interface Database API ( Java, Perl ) Automaticに行うシステムを 開発、更新している。 ローカルに環境構築可能。 カスタマイズ可能。
Web-Interface
Ensembl Tour （Ensembl紹介） Top page http://www.ensembl.org Ensembl Tour （Ensembl紹介） Help Desk（重要） ＆Documents（重要） スライドショー中に画をダブルクリック。
多彩なView fastaview alignview anchorview familyview blastview chromoview contigview cytoview dasconfview diseaseview domainview dotterview exonview exportview fastaview familyview genesnpview geneview goview haplomapview haploview helpview karyoview markerview multicontigview primerview protview snpview syntenyview tagloview transview mapview martview textview などなどございます。是非ご探訪ください。
導入事例 ご紹介
＜事例1＞ （ご内容） ■ Ensembl カスタマイズ&インストール - DASでインハウスデータを統合表示 - データ作成 情報・システム研究機構国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室 様 （ご内容） ■ Ensembl カスタマイズ&インストール - DASでインハウスデータを統合表示 - データ作成 - View編集 ■ データ更新 スライドショー中に画をダブルクリック。
＜事例2＞ ○×△ 株式会社様 （ご内容） ■ Ensembl Powered カスタマイズ&インストール ○×△ 株式会社様 （ご内容） ■ Ensembl Powered カスタマイズ&インストール Ensembl DBへ直接インハウスデータ を追加して統合表示 View編集 スライドショー中に画をダブルクリック。
Architecture browsers Apache / mod_perl web servers MySQL RDBMS Web code Ensembl API Bioperl MySQL RDBMS Ensembl DBs ensembl.org
Database
Schemas（MySQL） Database
API 利用
API 直利用 ローカルサーバ、外部公開サーバの Ensemblデータベースに接続させることが できます。 欲しい情報をまとめて抽出し、 他プログラムと連携させることができます。
Happy, Ensembling ! ;) サイエンス・テクノロジー・システムズ(株) http://www.st-systems.co.jp