期末レポートの内容 使うデータ 「biostat18finaldata.txt」 遺伝子発現データ 生物統計学の「期末レポート」の「遺伝子発現データ」のテキストの絵を右クリックして保存する。 遺伝子発現データ でもマイクロアレイではありません。 次世代シーケンサーを使った「RNA-Seq」解析のデータです。
試料 シロイヌナズナの4系統 Col-0とSei-0コントロール（野生種） FcsとFsc：Col-0とSei-0との交雑種 菌感染の耐性が高いとされている（雑種強勢）。
実験の概要 菌の感染 時系列データ Pseudomonas syringae (Pst DC3000) 感染後：1日目、2日目、3日目 感染すると、過敏感細胞死が誘導される。 時系列データ 感染後：1日目、2日目、3日目
データの説明 36実験の遺伝子発現データ シロイヌナズナ 4系統、時系列3時点、3反復 提供するのは反復なしの12実験のデータです。 詳しくは、GEOデータベースでGSE62256で検索 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 「gene expression omnibus」で検索するとトップヒットします。
データの詳細 GSMの説明 GSM1524131, 1524134, 1524137 Col-0、処理後1、2、3日 GSM1524140, 1524143, 1524146 Fcs、処理後1、2、3日 GSM1524149, 1524152, 1524155 Sei-0、処理後1、2、3日 GSM1524158, 1524161, 1524164 Fsc、処理後1、2、3日
データの概要 データの概要 次世代シーケンサー（Illumina社HiSeq2000） 塩基長：76塩基 配列数：900,224,946配列（900メガ配列、9億配列）
研究目的 雑種の菌感染時に特異的に発現する遺伝子を探す。 主成分分析（第10～12回）などを使って探す。 これらの遺伝子は菌感染に関係がある可能性がある。