2016年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第13回 情報解析(6) エクセルVBAによる遺伝子機能解析

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1 2016年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第13回 情報解析(6) エクセルVBAによる遺伝子機能解析
2016年7月15日 機能ゲノム科学　　尾形　善之

2 実習の大きな流れ RNAクエリーデータ入手～加工する 遺伝子データベースデータを入手する BLAST解析（マッピング）する
遺伝子発現データを得る ストレスで特異的に発現する遺伝子を探す 特異的遺伝子の機能・特徴を調べる

3 本日の目標 エクセルVBAを使って、円グラフの色の変え方を学ぶ。 処理区で特異的に発現している遺伝子の機能解析の方法について学ぶ。

4 本日の実習の目的 前回選んだ200遺伝子の中にストレス関連の遺伝子が多く含まれていることを、グラフを使って確かめる。

5 エクセルVBA VBAとは… できること 「Visual Basic for Application」の略
エクセルの機能を格段に増やすことができる できること 表やグラフの作成と変更の自動化 ボタンなどのGUIツールの作成

6 VBAとPerlとの違い VBA Perl エクセルのワークシートの情報を扱える 比較的多くの関数を利用できる マクロと連携できる
書き方が少し難しい Perl 書き方が簡単 他のソフトウェアとの連携が難しい

7 VBAとPerlとの細かい違い 「dim」と「my」 変数の型を指定する 「$」がいらない（Rと同様）
整数型、小数型、文字列型など 「$」がいらない（Rと同様） 「;」がいらない（Rと同様で改行する） 「for」の書き方 他にもたくさん……

8 実用的なVBAの扱い方 まずは、やりたい作業に近い作業のマクロを作る
Visual Basicを開き、やりたい作業に合わせてプログラムを書き加える デバッグプログラムをうまく活用する

9 実習で作るVBAプログラム ふたつの円グラフの色について、同じ項目を同じ色にする。 注目する項目の色が目立つようにする。

10 色の設定 名前 16進数 RGB 「ウェブカラー」で検索 white, silver, red, etc.
#FFFFFF, #C0C0C0, #FF0000, etc. RGB (255,255,255), (192,192,192), (255,0,0), etc. 「ウェブカラー」で検索

11 色の使い方について 注目する項目が目立つようにするために… カラーバリアフリー 注目項目を暖色の目立つ色にする。
その他の項目を寒色の目立たない色にする。 カラーバリアフリー 「カラーユニバーサルデザイン」ともいいます できるだけ多くの人に見分けやすい配色を選ぶ。 色を見分けにくい人にも情報が伝わるようにする。 色の名前を用いたコミュニケーションを可能にする。

12 遺伝子機能解析 これまでの機能解析 今日の実習の機能解析 遺伝子ごとにQuickGOで検索 QuickGOは便利だが、当たりが少ない
200遺伝子を調べるのは大変 今日の実習の機能解析 スタンドアローンで200遺伝子を一気に解析 エクセルの円グラフで視覚化

13 GOとGOSLIM 2種類のGene Ontologyターム GOターム GOSLIMターム 詳しい機能情報 グラフにするには詳しすぎる。
ざっくりとした機能情報 いくつかのGOタームを纏めている。 グラフにするのに向いている。

14 チェックポイント VBAとは? VBAの実用的な使い方は? QuickGOの利点と欠点は?

15 本日の実習と課題 前回選んだ200遺伝子のGO解析を実施し、遺伝子全体と選んだ200遺伝子のGOタームの違いについて、エクセルの円グラフを使って考察する。