Slicer 3 チュートリアル SPLにおける腹部アトラス Ion-Florin Talos, M.D.
謝辞 NIH P41RR013218 (Neuroimage Analysis Center) NIH U54EB005149 (NA-MIC)
免責条項 使用者は添付ライセンス内の内容と関連法に遵守してslicerを使用すること
使用するソフトウェア,データセット Slicer 3(このチュートリアルではslicer3-3.0を使用) アトラスデータ →http://www.slicer.org/pages/Special:SlicerDownloads アトラスデータ →http://www.spl.harvard.edu/publications/item/view/1266 CT画像 ラベルマップ 3Dモデル
学習目標 アトラスデータの読み込み 体内の独自の3Dviewの製作と表示
チュートリアルにおける必要条件 Slicer Training データの読み込みと表示のチュートリアルを行うこと →http://wiki.na-mic.org/Wiki/index.php/Slicer:Workshops:User_Training_101 6
要旨 Part 1: 腹部アトラスデータの読み込み Part 2:体内の独自の3Dviewの製作と表示 7
腹部アトラスデータの読み込み 解剖学的な濃淡値データ (CTやMRI等の画像データ) …………………. MRMLシーン …………………………. 3Dモデル……………………………… ラベルマップ……………………………
アトラスデータの読み込み Fileメニューより,Load Sceneを選択. ポップウィンドウにおいて, Abdominal_Atlas2008.mrmlを選択し, Openをクリック.
アトラスデータの読み込み 3Dモデル ラベルマップで オーバーレイされた CT画像
要旨 Part 1: 腹部アトラスデータの読み込み Part 2:体内の独自の3Dviewの製作と表示
独自の3Dviewの製作 Modelsモジュールのvisibilityより,3Dモデルが各構造毎に表示するかどうかを選択できることから,独自の体内の3Dviewを製作することが可能.
独自の3Dview
独自の3Dviewの製作(1) Modulesより,Modelsモジュールを選択. Hierarchy & Displayタブを開く Model Display欄より,Select Model or Hierarchyにおいて,モデルを選択し,そのモデルを3DViewer内で表示したいならば,Visibilityのチェック欄にチェックを入れる. (チェックを入れなければ,表示されない)
独自の3Dviewの製作(2) Modulesより,Dataモジュールを選択. Create Scene Snapshotをクリックし,ポップアップウィンドウにおいて,独自の3Dviewの名前を記入. (例：Portal Circulation)
独自の3Dviewの製作(3) Scene Snapshotの右側の欄をクリックすると,これまでに作成したスナップショットのデータファイル名も出てくるので,そこから選ぶことも可能である. 保存ファイル名が決定すれば,Restoreをクリック.
補足(1) スライド14~16に関しては,slicer3-3.0バージョンにおけるスナップショット方法である. 3.2,3.4バージョンにおけるスナップショット方法を説明する.
補足(2)
補足(3)
補足(4)
監守：波多 伸彦 * * Surgical Plannninng Laboratory, Harvard Medical School 翻訳 スライド翻訳：木西 基 ** 監守：波多 伸彦 * * Surgical Plannninng Laboratory, Harvard Medical School ** 知的画像処理研究室, 立命館大学