2017年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第11回 系統樹 2017年度 植物バイオサイエンス情報処理演習 第11回 系統樹 2017年6月23日 機能ゲノム科学 尾形 善之
前回のフォロー・1 PLAGO, Gcorn, Xcornの動作確認について たくさんのバグレポート、コメントをありがとうございました。 動作の不具合、データのエラーなど、かなり対処できたと思います。 日本語版など、今後さらに検討していきます。
前回のフォロー・2 配列の遺伝子モジュールに当たらない。 各種の発現グラフ プログラムミスがありました。修正しています。 並び順など、大幅に改訂しています。
配列相同性解析 第11回 第12回 第13回 オルソログ遺伝子のアライメントと分子系統樹 近縁種オルソログ遺伝子との配列相同性解析 配列相同性に基づいたRNA-Seq解析
配列アライメント 目的 作業 複数の配列の類似する部分を揃える ClustalXを利用する（ClustalWに基づく） 類似する部分は保存ドメインと考えられる 作業 ClustalXを利用する（ClustalWに基づく） マルチFASTAファイルから作業できる
注目遺伝子のオルソログを集める 一般的な方法 手順 欠点 NCBIのBLASTで検索する ひとつひとつの配列データをコピーする ひとつひとつ辿ってコピーする手間がかかる どこまで集めていいのか分からない
注目遺伝子のオルソログを集める Gcornを使う方法 手順 注目遺伝子の遺伝子モジュールの配列を得る
分子系統樹作成の手順 3通りの方法を紹介します MEGA(ClustalW) ClustalX～TreeView MAFFT～ClustalX～TreeView
分子系統樹作成ツール・1 MEGA V7が登場!! 描画が得意 アライメントはClustalWを使っている Molecular Evolutionary Genetics Analysis V7が登場!! 描画が得意 アライメントはClustalWを使っている
MEGAの入手と注意点 入手サイト 注意点 http://www.megasoftware.net/ 配列ファイルの拡張子は「.fas」「.fasta」などにしないといけない。 配列ファイルから、いきなり系統樹は描けない。 まずはアライメントをしてから。
系統分類のためのツール・2 ClustalX 伝統的なツール アライメントが得意 入手先 注意点 http://www.clustal.org/ 注意点 ファイルのパス名に日本語が入っていると、読めない 描画は別ツールで（例えば、TreeView）
系統分類のためのツール・3 MAFFT オンラインでもダウンロード版でも実行できます。 ダウンロード版はコマンド入力です。 やや使いづらい。 系統樹を描くには…… MAFFT～ClustalX～TreeView と進みます。 次の世代のシーケンサーで活躍しそうです。
ツールの比較 MEGA ClustalW MAFFT
系統樹のイメージ
本日の実習と課題 注目遺伝子のオルソログ遺伝子群に対して、配列アライメントを行い、系統樹を描きなさい。 用いた3種類のツール間での系統樹の違いについて考察しなさい。