生物統計学・第14回 全体を眺める（6） －相関ネットワーク解析－

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1 生物統計学・第14回 全体を眺める（6） －相関ネットワーク解析－
生物統計学・第14回 全体を眺める（6） －相関ネットワーク解析－ 2017年1月17日 生命環境科学域　応用生命科学類 尾形 善之

2 前回のフォロー・1 符号の矛盾について 得点の絶対値の大きい遺伝子を選ぶ際に、負の絶対値が大きい遺伝子を選んだ場合
正の絶対値が大きい負荷量の実験との関係が出てこない 得点と負荷量の符号を合わせることが大事!!

3 前回のフォロー・2 木を見て森を見てまた木を見る 解釈は少し違っても問題ありません まず木を見る 森を見る また木を見る
森（データセット）に対して、まずひとつの木（要素）に注目する 森を見る 注目した木を通して森を眺める、森の眺め方や特徴を理解できるようになる、特徴的な木が見つかる また木を見る 特徴的な木の特徴が正しいかどうかを確認する ともかく、データを見る目が変わっていればOKです!!

4 多変量解析とは 多変量データ 多変量解析 多くの要素（遺伝子）と多くの変数（実験）からなる 多変量データを全体的に眺める
多変量データから要素と変数との関係を明らかにする

5 多変量解析の手法 主成分分析 相関ネットワーク解析 代表的 利点：全体を眺める、遺伝子と実験を繋げる 欠点：解釈しづらい、分けづらい
比較的新しい手法 利点：全体を眺める、分けやすい 欠点：遺伝子と実験を別々に解析、作業が難しい

6 相関ネットワーク解析 スモールワールド～Newman法 ワッツとストロガッツ (Nature, 1998) Newman (2004)

7 Zacharyの空手クラブ ネットワークモデル 一人、分け間違えている (Newman, 2004) 実際の34人の空手部員の交友関係
大きく二つのグループに分かれた 一人、分け間違えている　(Newman, 2004)

8 全体を眺める 主成分分析 相関ネットワーク解析

9 グループに分ける 主成分分析 相関ネットワーク解析

10 相関ネットワーク解析の手順 多変量データを用意する。 要素間の相関行列を作る。 相関係数を閾値にしたネットワークを描く。
今回はここを実習します。 ネットワーク内をグループ化する。 ここも実習します。

11 相関ネットワーク解析の実行 Pajek Cytoscape ConfeitoGUI R 今回の実習に使います。 最近もっとも使われます。
私が開発中のソフトウェアです。 R 簡単なネットワークであれば、Rでも描けます。

12 金平糖アルゴリズムの開発 金平糖 アルゴリズム（右図） 「モジュール」と呼ぶ

13 ヒストンオクタマー複合体 ○が該当する遺伝子、●は外れ 金平糖アルゴリズム 従来の相関ネットワーク

14 金平糖アルゴリズムの解析例 マウスマイクロアレイ：実験間（37,013実験） 破骨細胞の実験群

15 Pajek ダウンロード～インストールする。 ネットワークファイルを用意する。 ネットワークファイルを開く。 ネットワークを描く。
この準備が少し難しい。 ネットワークファイルを開く。 ネットワークを描く。 要素数が多いと、描ききれないことがある。 グループを選ぶ。 ネットワークを描けなくてもグループを選ぶことができる。

16 チェックポイント 相関ネットワーク解析とは? 相関ネットワーク解析の手順は?

17 実習と課題 手順書で進めます。