植物系統分類学・第13回 分子系統学の基礎と実践 植物系統分類学・第13回 分子系統学の基礎と実践 2015年1月15日 尾形 善之
これから3回の構成 第12回（今回）：木本植物の特徴と分類 第13回：分子系統学の基礎と実践 第14回：比較ゲノミクスの基礎と実践 樹木の識別方法 樹木の分類 第13回：分子系統学の基礎と実践 遺伝子・DNAによる分類 公共データバンクの活用 第14回：比較ゲノミクスの基礎と実践 ゲノム情報の取得 比較ゲノミクスとは
Small subunit ribosomal RNA Small subunit ribosomal RNA リボソーム 原核生物 70Sリボソーム 50Sサブユニット＋30Sサブユニット 真核生物 80Sリボソーム 60Sサブユニット＋40Sサブユニット 葉緑体 原核生物と同様 Small subunit ribosomal RNA Small subunit ribosomal RNA
遺伝子・DNAによる分類 リボソームDNAを利用する リボソームRNAをコードしている 似ている配列と似ていない配列が混在している 全生物が保有している 塩基配列をアミノ酸配列に変換する 似ている配列と似ていない配列が混在している 似ている配列（コード領域）：全生物で保存 微生物叢解析に利用 似ていない配列（ITS領域）：種内でも異なる 種の同定に利用
リボソームDNAの種類 原核生物・葉緑体 真核生物 16S rRNA 18S rRNA 30Sサブユニットを構成 40Sサブユニットを構成 ユニバーサルプライマー
系統分類のためのツール・1 MEGA 現在はV6です 描画が得意 Molecular Evolutionary Genetics Analysis 現在はV6です 描画が得意
系統分類のためのツール・2 ClustalX 伝統的なツール アライメントが得意
系統分類のためのツール・3 MAFFT オンラインでも実行できます
系統分類のためのツール・4 はじけじゅ はじめてのけいとうじゅ 最近は更新していないようです でも、けっこうちゃんと描けます
大きな分類
チェックポイント・I 原核生物と真核生物のリボソームの違いは？ 系統分類にリボソームDNAを使う理由は？ 系統分類に利用できるツールは？
リボソームRNAのデータベース 16S（原核生物）は充実している 18S（真核生物）はほとんど纏められていない Ribosomal Database Project (RDP) National Center for Biotechnology Information (NCBI) 18S（真核生物）はほとんど纏められていない 菌類の28S（大ユニット）は少し纏められている Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
チェックポイント・II RDPとは？ NCBIとは？ KEGGとは？
本日の課題 バクテリアの系統分類をする方法を書きなさい。 カビの系統分類をする方法を書きなさい。 植物の系統分類をする方法について考えなさい。