生物統計学・第2回 全体を眺める（１） 各種グラフ、ヒストグラム、分布 生物統計学・第2回 全体を眺める（１） 各種グラフ、ヒストグラム、分布 2014年10月7日 生命環境科学域 応用生命科学類 尾形 善之
先週のレポート 統計学基礎を受講しています という人が多かったので、復習を兼ねながら講義を進めます。 受講していない人は、講義で分からない点をレポートで質問してください。丁寧に説明します。
まずは先週のリマインド 全体を眺める みんなを納得させる 木を見て森を見てまた木を見る
今週のキーワードの前に 生物データセットの説明をします シロイヌナズナとは…… シロイヌナズナの遺伝子発現データを使います モデル植物：植物で初めてゲノムが読まれた 染色体5本（普通は10数本）でも、ちゃんと植物です いろいろ実験がしやすい
遺伝子発現とは 遺伝子が転写されること つまり遺伝子が働いていること 複製：DNAをもうひとつ作る 転写：DNAからRNAを作る
遺伝子発現解析 どうやって調べるか ゲノム規模なら「マイクロアレイ」 マイクロアレイとは…… 最近は「次世代シーケンシング」ですが…… 遺伝子の発現量が分かる
生物データセット シロイヌナズナのマイクロアレイデータ 79実験条件 組織、発達段階 3反復 合計237実験
なぜ3反復するのか？ 237種類の実験ができたのに…… 統計解析のためです データが3つあると統計指標をつけられます ばらつき（広がり）を評価できます もともと生物データには、ばらつきが大きいです
チェックポイント・I シロイヌナズナとはどんな植物ですか？ マイクロアレイは何を調べる道具ですか？ 生物データセットではなぜ反復実験をするのですか？
いろいろなグラフ 円グラフ 折れ線グラフ 棒グラフ そのほかのグラフ 全体の中での割合を見る 変化を見る、量の変化は棒グラフ 量を比べる、量の変化を見る そのほかのグラフ
生物データとグラフ At1g56650の遺伝子発現データ 79実験条件 折れ線でいいのか？
生物データとグラフ At1g56650と似た遺伝子発現データをもつ遺伝子群 こうなると折れ線でないと眺めにくい
これも森を見るためのグラフです
チェックポイント・II 円グラフ、折れ線グラフ、棒グラフの使い分けは？ シロイヌナズナの遺伝子発現データ全体を眺める方法は？
本日の実習 ヒストグラムの作成 ウェブでのグラフ解析 遺伝子発現データをエクセルで開く。 遺伝子ごとの平均値を計算する。 平均値のヒストグラムを作る。 ウェブでのグラフ解析 折れ線グラフを作る。 各組織の模式図にマッピングする。
リンク先 折れ線グラフ 模式図 http://jsp.weigelworld.org/expviz/expviz.jsp http://bar.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi
次回までの予習 次回は「全体を眺める」の2回目です クラスタリング ヒートマップ
本日の課題 シロイヌナズナの遺伝子発現データ79実験条件を手に入れました。 これらのデータを全体的にどのように眺めたらよいか説明しなさい。